背景介紹
O8G RNA氧化修飾是在哺乳動(dòng)物細胞內活性氧攻擊mRNA中的鳥(niǎo)嘌呤從而產(chǎn)生的一種RNA修飾，它可以與腺嘌呤配對并誘導鳥(niǎo)嘌呤-胸腺嘧啶（G> T）突變，是病理生理學(xué)中一種通過(guò)活性氧氧化導致疾病表型的修飾。目前，O8G RNA氧化修飾作為一類(lèi)新型RNA修飾，是繼m6A修飾之后的又一表觀(guān)轉錄組學(xué)熱點(diǎn)和“超級潛力股”！
云序生物對O8G RNA氧化化檢測手段為O8G-IP-Seq技術(shù)，技術(shù)原理如下： 將O8G特異性抗體與被隨機打斷的RNA片段進(jìn)行共孵育，抓取有O8G修飾的片段進(jìn)行測序；同時(shí)需要平行測序一個(gè)對照（Input）樣本，對照樣本只含有打斷的RNA片段，并不添加O8G特異性抗體與其共孵育。對照樣本用于消除非特異性抓取的O8G片段的背景。對比免疫共沉淀（IP）樣本和對照樣本（Input）中的序列片段，將O8G氧化修飾位點(diǎn)定位到轉錄組上，并根據RNA-seq數據，計算樣本中O8G氧化程度及對RNA表達水平的影響。

技術(shù)原理

為了系統性揭示RNA O8G氧化修飾，云序生物提供了成熟的 RNA O8G氧化MeRIP-Seq技術(shù)服務(wù)。技術(shù)原理如下：將RNA O8G氧化特異性抗體與被隨機打斷的RNA片段進(jìn)行共孵育，抓取有O8G氧化修飾的片段進(jìn)行測序；同時(shí)需要平行測序一個(gè)對照（Input）樣本，對照樣本為未進(jìn)行IP反應的RNA片段。對照樣本用于消除非特異性抓取O8G氧化片段的背景。對比免疫共沉淀IP樣本和Input樣本中的序列片段，將O8G氧化修飾位點(diǎn)定位到轉錄組上，并根據RNA-seq數據，計算樣本中O8G氧化程度。
配合專(zhuān)業(yè)的生物信息學(xué)分析，云序生物可進(jìn)一步提供高精度的O8G氧化圖譜，幫助客戶(hù)揭示O8G氧化在生物學(xué)功能和潛在的作用機制。

云序特色
√ 最全產(chǎn)品線(xiàn)：可針對性地檢測不同類(lèi)型RNA分子的O8G氧化；
√ 特異性高：特異性富集和檢測O8G氧化的 RNA片段；
√ 全轉錄組覆蓋：全轉錄組范圍的RNA O8G氧化檢測； 
√ 全物種檢測：可以檢測幾乎任何動(dòng)植物的O8G氧化；
√ 專(zhuān)業(yè)化的生信分析：強大的生信團隊，專(zhuān)業(yè)的O8G氧化數據分析；

產(chǎn)品分類(lèi)

O8G 全轉錄組測序：同時(shí)檢測O8G氧化的環(huán)狀RNA，LncRNA和mRNA；
O8G 環(huán)狀RNA測序：檢測O8G氧化的所有環(huán)狀RNA；
O8G LnRNA測序：同時(shí)檢測O8G氧化的LncRNA和mRNA；
O8G mRNA測序：檢測O8G氧化的所有mRNA；


數據分析

O8G RNA氧化數據分析(僅供展示 詳見(jiàn)demo)
1.識別O8G RNA氧化富集區域（*）
通過(guò)嚴謹的生物信息學(xué)流程識別O8G RNA氧化富集區域，紅色為Input，藍色為IP樣本，對比分析O8G RNA氧化富集區域。

2.O8G RNA氧化區域注釋?zhuān)?）
根據測序數據，可進(jìn)行O8G RNA氧化富集區域的各種常規分析。

3.O8G RNA氧化的GO分析和KEGG 信號通路分析
對O8G RNA氧化顯著(zhù)性差異的mRNA進(jìn)行GO分析。

O8G RNA氧化測序應用案例
一、O8G RNA氧化修飾與蛋白翻譯密切相關(guān)
1. Nature | miR-1的位置特異性氧化導致心臟肥大
發(fā)表時(shí)間：2020年8月5日
影響因子：42.778
Nature上發(fā)表的來(lái)自韓國高麗大學(xué)Sung Wook團隊的一篇研究在氧化還原相關(guān)疾病心肌肥大的大鼠模型中對氧化的miRNA進(jìn)行了特異性測序研究。文章題目為：“Position-specific oxidation of miR-1 encodes cardiac hypertrophy”。
作者在氧化還原相關(guān)疾病心肌肥大的大鼠模型中對氧化的microRNA（miRNA）進(jìn)行了特異性測序。結果發(fā)現8-氧代鳥(niǎo)嘌呤2（o8G）修飾是選擇性地在miRNA的特殊區域（位置2-8）產(chǎn)生的，并通過(guò)o8G-A堿基互補配對來(lái)調節其他mRNA。用腎上腺素能激動(dòng)劑治療后主要在miR-1（7o8G-miR-1）的第7位誘導了o8G氧化修飾。單獨引入的7o8G-miR-1或7U-miR-1（其中7位的G被U取代）足以引起小鼠心臟肥大，o8G-miR-1的mRNA靶基因在受影響的表型中起作用，反之對小鼠心肌細胞7o8G-miR-1的特異性抑制可減輕心臟肥大。o8G-miR-1也與心肌病患者有關(guān)。本研究表明miRNA的位置特異性氧化可以作為表觀(guān)轉錄機制來(lái)協(xié)調病理生理學(xué)氧化還原介導的基因表達，為研究氧化修飾在病理生理學(xué)中的作用提供了新的思路。

2.PNAS| 8-oxoG在mRNA中的積累可以改變哺乳動(dòng)物細胞中的蛋白質(zhì)翻譯
發(fā)表時(shí)間：2018年4月17號
影響因子：9.412
PNAS雜志發(fā)表了來(lái)自國家老年醫學(xué)中心、北京醫院研究的一篇有關(guān)O8G氧化修飾改變哺乳動(dòng)物細胞中蛋白合成的研究成果。文章題目為“Transcriptional mutagenesis mediated by 8-oxoG induces translational errors in mammalian cells”。
哺乳動(dòng)物細胞內形成的活性氧可以在mRNA中產(chǎn)生8-oxoG修飾，這一氧化修飾在基因表達過(guò)程中會(huì )導致堿基錯配。本研究首先構建了一種基于超敏熒光素酶Gluc（Gussia luciferase）的報告基因檢測系統，通過(guò)第二代測序技術(shù)發(fā)現當RNA中8-oxoG含量增加使U-to-G位點(diǎn)增加，從而誘導表達淀粉樣前體蛋白的淀粉樣β肽（老年癡呆的重要標志物）。該研究結果表明，8-oxoG在mRNA中的積累可以改變哺乳動(dòng)物細胞中的蛋白質(zhì)合成。本論文的發(fā)表為深入氧化修飾與蛋白合成間的分子機理提供了全新的研究思路！

樣本要求
1）樣品類(lèi)型：細胞、新鮮組織或RNA 樣品。
2）樣品量：
細胞：2×10⁷
組織：500 mg-1 g
RNA：30 - 300 μg，濃度不低于100 ng/μL
3）RNA 質(zhì)量要求：
OD260/280：1.8~2.1
濃度≥ 100 ng/μl
RNA 無(wú)明顯降解（28S:18S ≥ 1.5 或者RIN ≥ 7）
4）樣品保存：
新鮮組織可用RNA保護劑處理或液氮凍存后，-80℃保存。
細胞樣品，離心收集細胞沉淀后用PBS洗2遍，直接-80℃保存；RNA 樣品可溶于乙醇或RNA-free 的超純水中，-80℃保存。樣品保存
Note:樣品保存期間避免反復凍融。
5）樣品運輸：樣品置于1.5 ml Eppendorf管或凍存管中，封口膜封好，裝在塑料袋中，干冰運輸。