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技術(shù)簡(jiǎn)介
MicroRNAs(miRNAs)是一類(lèi)廣 泛存在于真核生物中,長(cháng)度為~22nt的單鏈小分子非編碼RNA,在轉錄后的基因調控中發(fā)揮作用。它們廣 泛參與細胞增殖、凋亡、分化等生理過(guò)程。目前研究發(fā)現,miRNA能夠發(fā)生m6A甲基化修飾,不僅能夠改變其穩定性,而且能改變與靶mRNA的識別及結合能力,調控mRNA降解或翻譯,在各種重大人類(lèi)疾病中發(fā)揮關(guān)鍵的調控作用,并具有作為新型臨床分子標志物的潛能。
技術(shù)原理
云序生物提供 m6A 甲基化免疫沉淀測序(m6A Methylation Immunoprecipitation Sequencing,簡(jiǎn)稱(chēng) m6A MeRIP-seq)服務(wù),助力 m6A 修飾研究。 技術(shù)原理如下:提取total RNA后,利用small RNA純化試劑盒提純small RNA(包括miRNA);將m6A RNA甲基化特異性抗體與RNA進(jìn)行共孵育,抓取有甲基化修飾的片段進(jìn)行測序;同時(shí)需要平行測序一個(gè)對照(Input)樣本,對照樣本為未進(jìn)行IP反應的RNA。對照樣本用于消除非特異性抓取甲基化片段的背景。對比免疫共沉淀IP樣本和Input樣本中的序列片段,將miRNA m6A甲基化修飾位點(diǎn)定位到轉錄組上,并計算樣本中miRNA m6A甲基化程度。
配合專(zhuān)業(yè)的生物信息學(xué)分析,云序生物可進(jìn)一步提供高精度的miRNA m6A甲基化圖譜,幫助客戶(hù)揭示miRNA m6A甲基化在生物學(xué)功能和潛在的作用機制。
云序優(yōu)勢
一站式服務(wù)
客戶(hù)只需提供組織、細胞、體液樣品或RNA,云序生物為您完成從miRNA m6A富集,文庫制備,上機測序到數據分析整套服務(wù)流程。
抗體富集效率高
MeRIP-seq的富集效率是決定數據質(zhì)量的關(guān)鍵,云序生物MeRIP-seq實(shí)驗采用預驗證的商業(yè)化抗體和精心優(yōu)化的實(shí)驗流程,具有極高的效率和特異性。
嚴格的質(zhì)控
云序生物對MeRIP-seq實(shí)驗每一步驟均設有關(guān)鍵質(zhì)控,全程監控實(shí)驗質(zhì)量,保證客戶(hù)得到優(yōu) 質(zhì)數據。
專(zhuān)業(yè)的生物信息學(xué)分析
云序生物擁有專(zhuān)業(yè)的生物信息分析團隊,幫助客戶(hù)進(jìn)行實(shí)驗數據的全 面挖掘。
案例解析
案例:成熟microRNA在胃腸道腫 瘤中的甲基化水平
原文:Distinct methylation levels of mature microRNAs in gastrointestinal cancers
期刊:Nature Communication 影響因子:11.878
大阪大學(xué)醫學(xué)研究生院和大阪大學(xué)醫學(xué)研究所,通過(guò)對胃腸道ai和ai旁組織進(jìn)行miRNA MeRIP-seq,發(fā)現miRNA在ai組織中的m6A修飾水平明顯提高;并且發(fā)現m6A修飾能夠改變miRNA(miR-17-5p, -21-5p, and -200c-3p a和let-7a-5p)的穩定性和對靶mRNA的識別能力;其中發(fā)生m6A修飾的miR-17-5p在早期ai癥病人的血漿中具有極高的敏感性和特異性。這些發(fā)現不僅為早期ai癥的診斷策略提供了基礎,同時(shí)也為我們對miRNA生物學(xué)的探究提供了一個(gè)新的認識。
圖注:m6A修飾的miR-17-5p可以作為早期ai的診斷標志物
樣品要求
樣品類(lèi)型
細胞、組織或RNA,其他樣本類(lèi)型及樣品量請電詢(xún)。
樣品量
a) 細胞:2×107
b) 組織:100 mg-1 g
c) RNA:30-300 μg(OD260/280:1.6-2.3;RNA無(wú)明顯降解28S:18S>1.5或RIN>7)
樣品運輸與保存
樣品運輸:樣品置于1.5mL離心管中,封口膜封好,干冰運輸。
樣品保存:細胞樣品或新鮮組織塊可用TRIZOL或RNA保護劑處理,液氮凍存后-80℃保存;RNA樣品可溶于乙醇或RNA-free的超純水中,-80℃保存,避免反復凍融。
技術(shù)簡(jiǎn)介
MicroRNAs(miRNAs)是一類(lèi)廣 泛存在于真核生物中,長(cháng)度為~22nt的單鏈小分子非編碼RNA,在轉錄后的基因調控中發(fā)揮作用。它們廣 泛參與細胞增殖、凋亡、分化等生理過(guò)程。目前研究發(fā)現,miRNA能夠發(fā)生m6A甲基化修飾,不僅能夠改變其穩定性,而且能改變與靶mRNA的識別及結合能力,調控mRNA降解或翻譯,在各種重大人類(lèi)疾病中發(fā)揮關(guān)鍵的調控作用,并具有作為新型臨床分子標志物的潛能。
技術(shù)原理
云序生物提供 m6A 甲基化免疫沉淀測序(m6A Methylation Immunoprecipitation Sequencing,簡(jiǎn)稱(chēng) m6A MeRIP-seq)服務(wù),助力 m6A 修飾研究。 技術(shù)原理如下:提取total RNA后,利用small RNA純化試劑盒提純small RNA(包括miRNA);將m6A RNA甲基化特異性抗體與RNA進(jìn)行共孵育,抓取有甲基化修飾的片段進(jìn)行測序;同時(shí)需要平行測序一個(gè)對照(Input)樣本,對照樣本為未進(jìn)行IP反應的RNA。對照樣本用于消除非特異性抓取甲基化片段的背景。對比免疫共沉淀IP樣本和Input樣本中的序列片段,將miRNA m6A甲基化修飾位點(diǎn)定位到轉錄組上,并計算樣本中miRNA m6A甲基化程度。
配合專(zhuān)業(yè)的生物信息學(xué)分析,云序生物可進(jìn)一步提供高精度的miRNA m6A甲基化圖譜,幫助客戶(hù)揭示miRNA m6A甲基化在生物學(xué)功能和潛在的作用機制。
云序優(yōu)勢
一站式服務(wù)
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抗體富集效率高
MeRIP-seq的富集效率是決定數據質(zhì)量的關(guān)鍵,云序生物MeRIP-seq實(shí)驗采用預驗證的商業(yè)化抗體和精心優(yōu)化的實(shí)驗流程,具有極高的效率和特異性。
嚴格的質(zhì)控
云序生物對MeRIP-seq實(shí)驗每一步驟均設有關(guān)鍵質(zhì)控,全程監控實(shí)驗質(zhì)量,保證客戶(hù)得到優(yōu) 質(zhì)數據。
專(zhuān)業(yè)的生物信息學(xué)分析
云序生物擁有專(zhuān)業(yè)的生物信息分析團隊,幫助客戶(hù)進(jìn)行實(shí)驗數據的全 面挖掘。
案例解析
案例:成熟microRNA在胃腸道腫 瘤中的甲基化水平
原文:Distinct methylation levels of mature microRNAs in gastrointestinal cancers
期刊:Nature Communication 影響因子:11.878
大阪大學(xué)醫學(xué)研究生院和大阪大學(xué)醫學(xué)研究所,通過(guò)對胃腸道ai和ai旁組織進(jìn)行miRNA MeRIP-seq,發(fā)現miRNA在ai組織中的m6A修飾水平明顯提高;并且發(fā)現m6A修飾能夠改變miRNA(miR-17-5p, -21-5p, and -200c-3p a和let-7a-5p)的穩定性和對靶mRNA的識別能力;其中發(fā)生m6A修飾的miR-17-5p在早期ai癥病人的血漿中具有極高的敏感性和特異性。這些發(fā)現不僅為早期ai癥的診斷策略提供了基礎,同時(shí)也為我們對miRNA生物學(xué)的探究提供了一個(gè)新的認識。
圖注:m6A修飾的miR-17-5p可以作為早期ai的診斷標志物
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樣品類(lèi)型
細胞、組織或RNA,其他樣本類(lèi)型及樣品量請電詢(xún)。
樣品量
a) 細胞:2×107
b) 組織:100 mg-1 g
c) RNA:30-300 μg(OD260/280:1.6-2.3;RNA無(wú)明顯降解28S:18S>1.5或RIN>7)
樣品運輸與保存
樣品運輸:樣品置于1.5mL離心管中,封口膜封好,干冰運輸。
樣品保存:細胞樣品或新鮮組織塊可用TRIZOL或RNA保護劑處理,液氮凍存后-80℃保存;RNA樣品可溶于乙醇或RNA-free的超純水中,-80℃保存,避免反復凍融。
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