技術(shù)簡(jiǎn)介

轉錄后RNA修飾在細胞RNA中無(wú)處不在，并且在生命的所有領(lǐng)域都非常普遍。2'-O-RNA甲基化是一種受RNA甲基化酶或纖維蛋白酶作用下，核糖RNA在2’-OH位置上發(fā)生甲基化的化學(xué)修飾。在哺乳動(dòng)物、酵母、植物、病毒等物種中普遍存在。已有研究表明，2'-O-RNA甲基化修飾廣泛分布在 tRNA、rRNA、snRNA、mRNA 以及 miRNA 各個(gè)RNA分子中 。2'-O-RNA甲基化可以影響mRNA與蛋白的結合、調控rRNA翻譯效率、參與tRNA識別等生物過(guò)程。

云序生物2'-O-RNA甲基化測序服務(wù)（RiboMeth-seq），可實(shí)現對snoRNA、tRNA、rRNA等多類(lèi)RNA分子的2'-O-RNA甲基化修飾水平的全面檢測。RiboMeth-seq主要通過(guò)堿處理或金屬離子處理，進(jìn)行隨機 RNA 斷裂；發(fā)生 2′-O-甲基化的位置，不易斷裂，不發(fā)生修飾的位點(diǎn)斷裂或者被消解；通過(guò)識別非斷裂位點(diǎn)，進(jìn)行2'-O甲基化位點(diǎn)的識別。

云序優(yōu)勢 
單堿基分辨
可對2'-O-RNA甲基化修飾進(jìn)行單堿基定位。
高通量檢測
可對全轉錄組范圍內的2'-O-RNA位點(diǎn)進(jìn)行高通量地平行檢測。
一站式服務(wù)
客戶(hù)僅需提供組織或細胞，云序生物一站式完成RNA抽提，樣品預處理，建庫，測序，數據分析全套流程。
專(zhuān)業(yè)的生物信息學(xué)分析
專(zhuān)業(yè)的生物信息學(xué)團隊，能夠滿(mǎn)足客戶(hù)的各類(lèi)深入數據分析需求。

案件分析
案例1：人類(lèi)mRNA上2'-O-RNA甲基化轉錄組圖譜
原文：Nm-seq maps 2'-O-methylation sites in human mrna with base precision 
期刊：Nature Methods 影響因子：26.9
美國芝加哥大學(xué)研究團隊利用2'-O-RNA甲基化測序手段，檢測mRNA分子上的甲基化位點(diǎn)。與m6A RNA甲基化測序數據相比，2'-O-RNA甲基化位點(diǎn)主要分布在轉錄組CDS區，其中近一半在剪接位點(diǎn)附近，相當一部分在內含子中發(fā)現Nm位點(diǎn)。三分之一的2'-O-RNA甲基化位點(diǎn)在A(yíng)GAUC處存序列偏好性，并且跟隨了5個(gè)堿基的A或G堿基高影響分子布。有趣的是，2'-O-RNA甲基化位點(diǎn)富含三種氨基酸的編碼密碼子?？偟膩?lái)說(shuō)，該文章揭示了2'-O-RNA甲基化在人類(lèi)細胞中的分布特征。

     

案例2：2'-O-RNA甲基化酶FTSJ3協(xié)助HIV病 毒逃避宿主細胞免疫識別機制
原文：FTSJ3 is an RNA 2'-O-methyltransferase recruited by HIV to avoid innate immune sensing
期刊：Nature  影響因子：41.6
外國研究人員首先借助蛋白互作實(shí)驗證實(shí)TRBP蛋白能夠在不依賴(lài)于DICER酶的作用下與FTSJ3結合，形成復合物，因此推測，FTSJ3是一種2'-O-甲基化轉移酶。接著(zhù)，體外和體內實(shí)驗表明FTSJ3就是一種通過(guò)TRBP被招募到HIV RNA上的2'-O-甲基化轉移酶。通過(guò)優(yōu)化的2'-O-RNA甲基化測序手段，證實(shí)在HIV病 毒遺傳信息的特定位置上存在依賴(lài)于FTSJ3的2'-O-甲基化修飾。綜上，該研究證實(shí)TRBP-FTSJ3復合物通過(guò)招募到HIV病 毒RNA發(fā)生2'-O-甲基化從而解釋了HIV病 毒逃避宿主細胞先天免疫識別的機制。

       

樣本要求
樣品類(lèi)型 
細胞、組織或RNA，其他樣本類(lèi)型請電詢(xún)。 
樣品量
a) 細胞：1×10⁸ 
b) 組織：500 mg - 5g
c) RNA：100 μg - 300 μg (OD260/280：1.6-2.3; RNA無(wú)明顯降解) 
樣品運輸及保存
樣品運輸：樣品置于1.5mL離心管中，封口膜封好，干冰運輸。 
樣品保存：細胞樣品或新鮮組織塊可用TRIZOL或RNA保護劑處理，液氮凍存后-80℃保存；RNA樣品可溶于乙醇或RNA-free的超純水中，-80℃保存，避免反復凍融。