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技術(shù)簡(jiǎn)介
轉錄后RNA修飾在細胞RNA中無(wú)處不在,并且在生命的所有領(lǐng)域都非常普遍。2'-O-RNA甲基化是一種受RNA甲基化酶或纖維蛋白酶作用下,核糖RNA在2’-OH位置上發(fā)生甲基化的化學(xué)修飾。在哺乳動(dòng)物、酵母、植物、病毒等物種中普遍存在。已有研究表明,2'-O-RNA甲基化修飾廣泛分布在 tRNA、rRNA、snRNA、mRNA 以及 miRNA 各個(gè)RNA分子中 。2'-O-RNA甲基化可以影響mRNA與蛋白的結合、調控rRNA翻譯效率、參與tRNA識別等生物過(guò)程。
云序生物2'-O-RNA甲基化測序服務(wù)(RiboMeth-seq),可實(shí)現對snoRNA、tRNA、rRNA等多類(lèi)RNA分子的2'-O-RNA甲基化修飾水平的全面檢測。RiboMeth-seq主要通過(guò)堿處理或金屬離子處理,進(jìn)行隨機 RNA 斷裂;發(fā)生 2′-O-甲基化的位置,不易斷裂,不發(fā)生修飾的位點(diǎn)斷裂或者被消解;通過(guò)識別非斷裂位點(diǎn),進(jìn)行2'-O甲基化位點(diǎn)的識別。
云序優(yōu)勢
單堿基分辨
可對2'-O-RNA甲基化修飾進(jìn)行單堿基定位。
高通量檢測
可對全轉錄組范圍內的2'-O-RNA位點(diǎn)進(jìn)行高通量地平行檢測。
一站式服務(wù)
客戶(hù)僅需提供組織或細胞,云序生物一站式完成RNA抽提,樣品預處理,建庫,測序,數據分析全套流程。
專(zhuān)業(yè)的生物信息學(xué)分析
專(zhuān)業(yè)的生物信息學(xué)團隊,能夠滿(mǎn)足客戶(hù)的各類(lèi)深入數據分析需求。
案件分析
案例1:人類(lèi)mRNA上2'-O-RNA甲基化轉錄組圖譜
原文:Nm-seq maps 2'-O-methylation sites in human mrna with base precision
期刊:Nature Methods 影響因子:26.9
美國芝加哥大學(xué)研究團隊利用2'-O-RNA甲基化測序手段,檢測mRNA分子上的甲基化位點(diǎn)。與m6A RNA甲基化測序數據相比,2'-O-RNA甲基化位點(diǎn)主要分布在轉錄組CDS區,其中近一半在剪接位點(diǎn)附近,相當一部分在內含子中發(fā)現Nm位點(diǎn)。三分之一的2'-O-RNA甲基化位點(diǎn)在A(yíng)GAUC處存序列偏好性,并且跟隨了5個(gè)堿基的A或G堿基高影響分子布。有趣的是,2'-O-RNA甲基化位點(diǎn)富含三種氨基酸的編碼密碼子??偟膩?lái)說(shuō),該文章揭示了2'-O-RNA甲基化在人類(lèi)細胞中的分布特征。
案例2:2'-O-RNA甲基化酶FTSJ3協(xié)助HIV病 毒逃避宿主細胞免疫識別機制
原文:FTSJ3 is an RNA 2'-O-methyltransferase recruited by HIV to avoid innate immune sensing
期刊:Nature 影響因子:41.6
外國研究人員首先借助蛋白互作實(shí)驗證實(shí)TRBP蛋白能夠在不依賴(lài)于DICER酶的作用下與FTSJ3結合,形成復合物,因此推測,FTSJ3是一種2'-O-甲基化轉移酶。接著(zhù),體外和體內實(shí)驗表明FTSJ3就是一種通過(guò)TRBP被招募到HIV RNA上的2'-O-甲基化轉移酶。通過(guò)優(yōu)化的2'-O-RNA甲基化測序手段,證實(shí)在HIV病 毒遺傳信息的特定位置上存在依賴(lài)于FTSJ3的2'-O-甲基化修飾。綜上,該研究證實(shí)TRBP-FTSJ3復合物通過(guò)招募到HIV病 毒RNA發(fā)生2'-O-甲基化從而解釋了HIV病 毒逃避宿主細胞先天免疫識別的機制。
樣本要求
樣品類(lèi)型
細胞、組織或RNA,其他樣本類(lèi)型請電詢(xún)。
樣品量
a) 細胞:1×108
b) 組織:500 mg - 5g
c) RNA:100 μg - 300 μg (OD260/280:1.6-2.3; RNA無(wú)明顯降解)
樣品運輸及保存
樣品運輸:樣品置于1.5mL離心管中,封口膜封好,干冰運輸。
樣品保存:細胞樣品或新鮮組織塊可用TRIZOL或RNA保護劑處理,液氮凍存后-80℃保存;RNA樣品可溶于乙醇或RNA-free的超純水中,-80℃保存,避免反復凍融。
技術(shù)簡(jiǎn)介
轉錄后RNA修飾在細胞RNA中無(wú)處不在,并且在生命的所有領(lǐng)域都非常普遍。2'-O-RNA甲基化是一種受RNA甲基化酶或纖維蛋白酶作用下,核糖RNA在2’-OH位置上發(fā)生甲基化的化學(xué)修飾。在哺乳動(dòng)物、酵母、植物、病毒等物種中普遍存在。已有研究表明,2'-O-RNA甲基化修飾廣泛分布在 tRNA、rRNA、snRNA、mRNA 以及 miRNA 各個(gè)RNA分子中 。2'-O-RNA甲基化可以影響mRNA與蛋白的結合、調控rRNA翻譯效率、參與tRNA識別等生物過(guò)程。
云序生物2'-O-RNA甲基化測序服務(wù)(RiboMeth-seq),可實(shí)現對snoRNA、tRNA、rRNA等多類(lèi)RNA分子的2'-O-RNA甲基化修飾水平的全面檢測。RiboMeth-seq主要通過(guò)堿處理或金屬離子處理,進(jìn)行隨機 RNA 斷裂;發(fā)生 2′-O-甲基化的位置,不易斷裂,不發(fā)生修飾的位點(diǎn)斷裂或者被消解;通過(guò)識別非斷裂位點(diǎn),進(jìn)行2'-O甲基化位點(diǎn)的識別。
云序優(yōu)勢
單堿基分辨
可對2'-O-RNA甲基化修飾進(jìn)行單堿基定位。
高通量檢測
可對全轉錄組范圍內的2'-O-RNA位點(diǎn)進(jìn)行高通量地平行檢測。
一站式服務(wù)
客戶(hù)僅需提供組織或細胞,云序生物一站式完成RNA抽提,樣品預處理,建庫,測序,數據分析全套流程。
專(zhuān)業(yè)的生物信息學(xué)分析
專(zhuān)業(yè)的生物信息學(xué)團隊,能夠滿(mǎn)足客戶(hù)的各類(lèi)深入數據分析需求。
案件分析
案例1:人類(lèi)mRNA上2'-O-RNA甲基化轉錄組圖譜
原文:Nm-seq maps 2'-O-methylation sites in human mrna with base precision
期刊:Nature Methods 影響因子:26.9
美國芝加哥大學(xué)研究團隊利用2'-O-RNA甲基化測序手段,檢測mRNA分子上的甲基化位點(diǎn)。與m6A RNA甲基化測序數據相比,2'-O-RNA甲基化位點(diǎn)主要分布在轉錄組CDS區,其中近一半在剪接位點(diǎn)附近,相當一部分在內含子中發(fā)現Nm位點(diǎn)。三分之一的2'-O-RNA甲基化位點(diǎn)在A(yíng)GAUC處存序列偏好性,并且跟隨了5個(gè)堿基的A或G堿基高影響分子布。有趣的是,2'-O-RNA甲基化位點(diǎn)富含三種氨基酸的編碼密碼子??偟膩?lái)說(shuō),該文章揭示了2'-O-RNA甲基化在人類(lèi)細胞中的分布特征。
案例2:2'-O-RNA甲基化酶FTSJ3協(xié)助HIV病 毒逃避宿主細胞免疫識別機制
原文:FTSJ3 is an RNA 2'-O-methyltransferase recruited by HIV to avoid innate immune sensing
期刊:Nature 影響因子:41.6
外國研究人員首先借助蛋白互作實(shí)驗證實(shí)TRBP蛋白能夠在不依賴(lài)于DICER酶的作用下與FTSJ3結合,形成復合物,因此推測,FTSJ3是一種2'-O-甲基化轉移酶。接著(zhù),體外和體內實(shí)驗表明FTSJ3就是一種通過(guò)TRBP被招募到HIV RNA上的2'-O-甲基化轉移酶。通過(guò)優(yōu)化的2'-O-RNA甲基化測序手段,證實(shí)在HIV病 毒遺傳信息的特定位置上存在依賴(lài)于FTSJ3的2'-O-甲基化修飾。綜上,該研究證實(shí)TRBP-FTSJ3復合物通過(guò)招募到HIV病 毒RNA發(fā)生2'-O-甲基化從而解釋了HIV病 毒逃避宿主細胞先天免疫識別的機制。
樣本要求
樣品類(lèi)型
細胞、組織或RNA,其他樣本類(lèi)型請電詢(xún)。
樣品量
a) 細胞:1×108
b) 組織:500 mg - 5g
c) RNA:100 μg - 300 μg (OD260/280:1.6-2.3; RNA無(wú)明顯降解)
樣品運輸及保存
樣品運輸:樣品置于1.5mL離心管中,封口膜封好,干冰運輸。
樣品保存:細胞樣品或新鮮組織塊可用TRIZOL或RNA保護劑處理,液氮凍存后-80℃保存;RNA樣品可溶于乙醇或RNA-free的超純水中,-80℃保存,避免反復凍融。
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