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技術(shù)簡(jiǎn)介
ac4C RNA乙?;窃赗NA ac4C修飾酶的作用下,使N4位乙酰胞嘧啶發(fā)生乙?;囊环N保守的化學(xué)修飾(N4-acetylcytidine)。早期研究發(fā)現該修飾存在于真核生物中絲氨酸及亮氨酸tRNA和18S rRNA上,導致Watson-Crick堿基熱穩定性增加,調控蛋白合成中的編碼準確性;近期研究發(fā)現ac4C分布在人類(lèi)轉錄組中,大多數位點(diǎn)出現在編碼序列(CDS)內,并且通過(guò)改善的mRNA穩定性和翻譯促進(jìn)靶基因表達。目前,ac4C RNA乙?;揎椬鳛橐活?lèi)新型RNA修飾,是繼m6A修飾之后的又一表觀(guān)轉錄組學(xué)熱點(diǎn)和“超級潛力股”!
云序生物對ac4C RNA乙?;瘷z測手段為acRIP-Seq技術(shù),技術(shù)原理如下: 將乙?;疪NA特異性抗體與被隨機打斷的RNA片段進(jìn)行共孵育,抓取有乙?;揎椀钠芜M(jìn)行測序;同時(shí)需要平行測序一個(gè)對照(Input)樣本,對照樣本只含有打斷的RNA片段,并不添加RNA乙?;禺愋钥贵w與其共孵育。對照樣本用于消除非特異性抓取的乙?;蔚谋尘?。對比免疫共沉淀(IP)樣本和對照樣本(Input)中的序列片段,將RNA乙?;揎椢稽c(diǎn)定位到轉錄組上,并根據RNA-seq數據,計算樣本中RNA乙?;潭燃皩NA表達水平的影響。
云序優(yōu)勢
一站式服務(wù)
客戶(hù)只需提供組織、細胞、體液樣品或RNA,云序生物為您完成從ac4C RNA富集,文庫制備,上機測序到數據分析整套服務(wù)流程。
抗體富集效率高
acRIP-seq的富集效率是決定數據質(zhì)量的關(guān)鍵,云序生物acRIP-seq實(shí)驗采用預驗證的商業(yè)化抗體和精心優(yōu)化的實(shí)驗流程,具有極高的效率和特異性。
分子全覆蓋
可全 面檢測mRNA、circRNA、LncRNA、pri-miRNA、rRNA、tRNA等多類(lèi)RNA分子ac4C乙?;稽c(diǎn)。
嚴格的質(zhì)控
云序生物對acRIP-seq實(shí)驗每一步驟均設有關(guān)鍵質(zhì)控,全程監控實(shí)驗質(zhì)量,保證客戶(hù)得到優(yōu) 質(zhì)數據。
專(zhuān)業(yè)的生物信息學(xué)分析
云序生物擁有專(zhuān)業(yè)的生物信息分析團隊,幫助客戶(hù)進(jìn)行實(shí)驗數據的全 面挖掘。
RNA乙?;瘻y序與轉錄組聯(lián)合應用
可整合RNA乙?;瘮祿娃D錄組數據進(jìn)行生物信息學(xué)關(guān)聯(lián)分析,揭示RNA乙?;瘜虮磉_調控的影響,深入挖掘RNA乙?;墓δ?。
案例解析
案例:mRNA中胞嘧啶核苷乙?;龠M(jìn)其翻譯效率
原文:Acetylation of Cytidine in mRNA Promotes Translation Efficiency
期刊:Cell 影響因子:36.22
美國ai癥研究所(NCI)和弗雷德里克實(shí)驗室,發(fā)現下調NAT10(RNA乙?;福┠軌蛞?制Hela細胞的行為;并且ac4C是由NTA10催化的mRNA修飾,下調NAT10后,ac4C的總體水平下降;為了進(jìn)一步探究ac4C的功能,作者對WT和下調NAT10的Hela細胞進(jìn)行acRIP-seq和mRNA測序,發(fā)現ac4C 的peak主要富集在mRNA的CDS區,同時(shí)下調NAT10能夠降低ac4C在mRNA中的定點(diǎn)表達,并與靶mRNA的下調有很大關(guān)系;作者又進(jìn)一步發(fā)現ac4C乙?;揎椖軌蛲ㄟ^(guò)延長(cháng)mRNA的半衰期并促進(jìn)mRNA的穩定性,同時(shí)也能夠通過(guò)ac4C peak中的密碼子偏好性表達,決定并影響mRNA的解碼效率,促進(jìn)底物翻譯。這些發(fā)現不僅擴大了mRNA修飾范圍(包括乙?;瘹埢?,也確立了ac4C在mRNA翻譯調控中的作用。
圖注:ac4C的結構及Ac4C peak在mRNA中的特征分布情況
圖注:ac4C延長(cháng)mRNA的半衰期,提高其穩定性
樣品要求
樣品類(lèi)型
細胞、組織或RNA,其他樣本類(lèi)型請電詢(xún)。
樣品量
a)細胞:≥2×107
b)組織:500mg - 1g
c) RNA:30μg - 300μg
d) 超微量滿(mǎn)足500ng - 30μg
樣品運輸與保存
樣品運輸:樣品置于1.5mL離心管中,封口膜封好,干冰運輸。
樣品保存:細胞樣品或新鮮組織塊可用TRIZOL或RNA保護劑處理,液氮凍存后-80℃保存;RNA樣品可溶于乙醇或RNA-free的超純水中,-80℃保存,避免反復凍融。
技術(shù)簡(jiǎn)介
ac4C RNA乙?;窃赗NA ac4C修飾酶的作用下,使N4位乙酰胞嘧啶發(fā)生乙?;囊环N保守的化學(xué)修飾(N4-acetylcytidine)。早期研究發(fā)現該修飾存在于真核生物中絲氨酸及亮氨酸tRNA和18S rRNA上,導致Watson-Crick堿基熱穩定性增加,調控蛋白合成中的編碼準確性;近期研究發(fā)現ac4C分布在人類(lèi)轉錄組中,大多數位點(diǎn)出現在編碼序列(CDS)內,并且通過(guò)改善的mRNA穩定性和翻譯促進(jìn)靶基因表達。目前,ac4C RNA乙?;揎椬鳛橐活?lèi)新型RNA修飾,是繼m6A修飾之后的又一表觀(guān)轉錄組學(xué)熱點(diǎn)和“超級潛力股”!
云序生物對ac4C RNA乙?;瘷z測手段為acRIP-Seq技術(shù),技術(shù)原理如下: 將乙?;疪NA特異性抗體與被隨機打斷的RNA片段進(jìn)行共孵育,抓取有乙?;揎椀钠芜M(jìn)行測序;同時(shí)需要平行測序一個(gè)對照(Input)樣本,對照樣本只含有打斷的RNA片段,并不添加RNA乙?;禺愋钥贵w與其共孵育。對照樣本用于消除非特異性抓取的乙?;蔚谋尘?。對比免疫共沉淀(IP)樣本和對照樣本(Input)中的序列片段,將RNA乙?;揎椢稽c(diǎn)定位到轉錄組上,并根據RNA-seq數據,計算樣本中RNA乙?;潭燃皩NA表達水平的影響。
云序優(yōu)勢
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抗體富集效率高
acRIP-seq的富集效率是決定數據質(zhì)量的關(guān)鍵,云序生物acRIP-seq實(shí)驗采用預驗證的商業(yè)化抗體和精心優(yōu)化的實(shí)驗流程,具有極高的效率和特異性。
分子全覆蓋
可全 面檢測mRNA、circRNA、LncRNA、pri-miRNA、rRNA、tRNA等多類(lèi)RNA分子ac4C乙?;稽c(diǎn)。
嚴格的質(zhì)控
云序生物對acRIP-seq實(shí)驗每一步驟均設有關(guān)鍵質(zhì)控,全程監控實(shí)驗質(zhì)量,保證客戶(hù)得到優(yōu) 質(zhì)數據。
專(zhuān)業(yè)的生物信息學(xué)分析
云序生物擁有專(zhuān)業(yè)的生物信息分析團隊,幫助客戶(hù)進(jìn)行實(shí)驗數據的全 面挖掘。
RNA乙?;瘻y序與轉錄組聯(lián)合應用
可整合RNA乙?;瘮祿娃D錄組數據進(jìn)行生物信息學(xué)關(guān)聯(lián)分析,揭示RNA乙?;瘜虮磉_調控的影響,深入挖掘RNA乙?;墓δ?。
案例解析
案例:mRNA中胞嘧啶核苷乙?;龠M(jìn)其翻譯效率
原文:Acetylation of Cytidine in mRNA Promotes Translation Efficiency
期刊:Cell 影響因子:36.22
美國ai癥研究所(NCI)和弗雷德里克實(shí)驗室,發(fā)現下調NAT10(RNA乙?;福┠軌蛞?制Hela細胞的行為;并且ac4C是由NTA10催化的mRNA修飾,下調NAT10后,ac4C的總體水平下降;為了進(jìn)一步探究ac4C的功能,作者對WT和下調NAT10的Hela細胞進(jìn)行acRIP-seq和mRNA測序,發(fā)現ac4C 的peak主要富集在mRNA的CDS區,同時(shí)下調NAT10能夠降低ac4C在mRNA中的定點(diǎn)表達,并與靶mRNA的下調有很大關(guān)系;作者又進(jìn)一步發(fā)現ac4C乙?;揎椖軌蛲ㄟ^(guò)延長(cháng)mRNA的半衰期并促進(jìn)mRNA的穩定性,同時(shí)也能夠通過(guò)ac4C peak中的密碼子偏好性表達,決定并影響mRNA的解碼效率,促進(jìn)底物翻譯。這些發(fā)現不僅擴大了mRNA修飾范圍(包括乙?;瘹埢?,也確立了ac4C在mRNA翻譯調控中的作用。
圖注:ac4C的結構及Ac4C peak在mRNA中的特征分布情況
圖注:ac4C延長(cháng)mRNA的半衰期,提高其穩定性
樣品要求
樣品類(lèi)型
細胞、組織或RNA,其他樣本類(lèi)型請電詢(xún)。
樣品量
a)細胞:≥2×107
b)組織:500mg - 1g
c) RNA:30μg - 300μg
d) 超微量滿(mǎn)足500ng - 30μg
樣品運輸與保存
樣品運輸:樣品置于1.5mL離心管中,封口膜封好,干冰運輸。
樣品保存:細胞樣品或新鮮組織塊可用TRIZOL或RNA保護劑處理,液氮凍存后-80℃保存;RNA樣品可溶于乙醇或RNA-free的超純水中,-80℃保存,避免反復凍融。
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