技術(shù)簡(jiǎn)介

云序生物超微量RNA甲基化測序（超微量MeRIP-seq）對免疫共沉淀和高通量測序步驟進(jìn)行優(yōu)化，克服常規抗體富集至少需要100μg總RNA的難題，低量?jì)H需500ng總RNA既可實(shí)驗。并適用于檢測微量樣本如血清、血漿和外泌體。

技術(shù)優(yōu)勢

適用范圍廣：可檢測m6A修飾，同時(shí)可檢測m5C和m1A修飾；

適用分子廣：mRNA，環(huán)狀RNA，LncRNA，pri-miRNA和tRNA；

適用樣本類(lèi)型多：血清、血漿、細胞、組織、外泌體、富集后的總RNA、石蠟切片，其他類(lèi)型請電詢(xún)；

物種：人、大鼠、小鼠、豬、牛、兔、羊、狗等哺乳動(dòng)物。

云序生物超微量RNA甲基化測序服務(wù)列表

?? 云序生物(m6A)RNA甲基化測序流程

云序優(yōu)勢

一站式服務(wù)：

客戶(hù)只需提供細胞、組織或RNA，云序生物為您完成從MeRIP富集，文庫制備，上機測序到數據分析整套服務(wù)流程。

優(yōu)化的實(shí)驗流程：

MeRIP的富集效率是決定數據質(zhì)量的關(guān)鍵，云序生物MeRIP實(shí)驗采用預驗證的商業(yè)化抗體和精心優(yōu)化的實(shí)驗流程，具有極高的效率和特異性。

嚴格的質(zhì)控：

云序生物對MeRIP實(shí)驗的各個(gè)關(guān)鍵步驟進(jìn)行嚴格的質(zhì)控，全程監控實(shí)驗質(zhì)量，確?？蛻?hù)得到優(yōu) 質(zhì)的數據。

專(zhuān)業(yè)的生物信息學(xué)分析：

云序生物具有強大的生物信息學(xué)團隊，能夠滿(mǎn)足客戶(hù)的各類(lèi)深入數據分析需求。

特異性高：

通過(guò)抗體特異性富集發(fā)生甲基化修飾的RNA片段，以較低的成本實(shí)現轉錄組范圍的RNA甲基化研究。

樣品運輸及保存：

樣品運輸：樣品置于1.5mL離心管中，封口膜封好，干冰運輸。

樣品保存：細胞樣品或新鮮組織塊可用TRIZOL或RNA保護劑處理，液氮凍存后-80℃保存；RNA樣品可溶于乙醇或RNA-free的超純水中，-80℃保存，避免反復凍融。

數據分析（僅供展示 詳見(jiàn)demo報告）

1.識別甲基化富集峰

通過(guò)高通量測序和生物信息分析，識別(p <10^-5)甲基化富集的基因組區域。

             

注：每個(gè)樣品組做一個(gè)Input，以去除基因組背景，降低假陽(yáng)性率

2. RNA甲基富集峰注釋

通過(guò)生物信息分析利用鄰近基因對富集峰進(jìn)行注釋?zhuān)⒏鶕逯悬c(diǎn)相對于已知基因的位置，將富集峰為啟動(dòng)子峰、上游峰、內含子峰、外顯子峰、基因間峰。

3. RNA甲基化富集峰區域的在基因組中的分布

根據注釋信息，繪制富集峰在不同基因組特征上的比例圖。

4. RNA甲基化位點(diǎn)Motif分析

RNA上甲基化的位點(diǎn)，可能包含某種序列motif。RNA甲基化酶可能正是通過(guò)識別這些motif特異性進(jìn)行甲基化修飾，從而完成轉錄后調控功能。我們成功識別了全基因組的RNA上的甲基化位點(diǎn)后，獲取序列就能使用生物信息學(xué)的手段來(lái)搜索這些motif，從而揭示RNA甲基化修飾的機制。

5. 差異RNA甲基化區域的識別與聚類(lèi)

云序生物使用 diffReps 軟件進(jìn)行差異甲基化位點(diǎn)的識別。默認篩選標準為 FDR<=0.05，具體以報告為準。識別樣本間的差異甲基化區，發(fā)現與特定表型或疾病相關(guān)的甲基化區域。

6. 差異甲基化區的GO與信號通路分析

對差異甲基化基因進(jìn)行功能分類(lèi)，并發(fā)現明顯富集的功能條目。

7. Reads 的分布

使用 ngs.plot 工具可以展示匹配 reads 在 TSS， genebody， TES 等位點(diǎn)的分布情況，可以用來(lái)觀(guān)察 RNA 甲基化對TSS 等位點(diǎn)是否有偏好。