針對m1A修飾，云序生物采用m1A-MAP-seq（Misincorporation-assisted profiling of m1A）方法。該方法利用m1A修飾在反轉錄時(shí)會(huì )導致錯配這一特性，實(shí)現單堿基分辨m1A修飾位點(diǎn)。該方法的實(shí)驗流程為：將隨機片段化的RNA樣本用m1A特異性抗體進(jìn)行富集，同時(shí)留一部分不做處理，作為對照（input）；然后再將富含m1A修飾的RNA片段分為兩部分，一部分用去甲基化酶AlkB處理[demethylase(+)]，一部分不處理[demethylase(-)]。最后對獲得的三個(gè)樣本分別進(jìn)行建庫測序。對比去甲基化酶（-）和去甲基化酶（+）的結果，捕捉堿基突變的信號，來(lái)實(shí)現m1A甲基化修飾位點(diǎn)單堿基分辨率的鑒定。對比免疫共沉淀IP樣本和Input樣本中的序列片段，將m1A RNA甲基化修飾位點(diǎn)定位到轉錄組上，并根據RNA-Seq數據，不僅計算出樣本中m1A甲基化程度，同時(shí)還可以找到m1A甲基化修飾的具體位點(diǎn)信息。

同時(shí)檢測m1A甲基化的環(huán)狀RNA，LncRNA和mRNA

同時(shí)檢測m1A甲基化的LncRNA和mRNA

檢測m1A甲基化的所有mRNA

檢測m1A甲基化的所有環(huán)狀RNA

檢測m1A甲基化的所有pri-miRNA

檢測m1A甲基化的所有tRNA

組織、細胞、體液或RNA樣品。其它類(lèi)型樣品請詳詢(xún)。

樣品量：

細胞： > 2×10⁷

組織：  100 mg-1 g 

總RNA：30-300 μg （OD260/280≥1.8；OD260/230≥1.5；無(wú)明顯降解，電泳檢測樣品特征性條帶完整清晰，無(wú)明顯彌散或拖尾 28S：18S≥1.5或者RIN≥7）

樣品運輸：樣品置于1.5mL離心管中，封口膜封好，干冰運輸。

樣品保存：細胞樣品或新鮮組織塊（切成5-10 mg的小塊），液氮凍存后，-80℃保存，RNA樣品可溶于乙醇或RNA-free的超純水中，-80℃保存，樣品保存期間避免反復凍融。

m1A RNA甲基化單堿基測序方式，可對m1A甲基化修飾進(jìn)行單堿基定位。

可全面地對環(huán)狀RNA、mRNA、lncRNA、pri-miRNA和tRNA等多類(lèi)RNA分子的m1A位點(diǎn)進(jìn)行檢測。

客戶(hù)僅需提供組織或細胞，云序生物一站式完成RNA抽提，樣品預處理，建庫，測序，數據分析全套流程。

專(zhuān)業(yè)的生物信息學(xué)團隊，能夠滿(mǎn)足客戶(hù)的各類(lèi)深入數據分析需求

原文：Base-Resolution Mapping Reveals Distinct m1A Methylome in Nuclear- and Mitochondrial-Encoded Transcripts

期刊：Molecular Cell   影響因子：16

作者利用單堿基分辨率的m1A-MAP-seq方法鑒定了細胞核和線(xiàn)粒體的m1A甲基化位點(diǎn)。發(fā)現位于5’UTR，特別是轉錄本第一和第二位上的m1A，能夠提高翻譯效率，而位于編碼區的m1A 可抑制翻譯。小部分符合“GUUCRA”基序的m1A 位點(diǎn)由一個(gè)已知的甲基化酶復合物TRMT6/61A 修飾。此外，還發(fā)現m1A在線(xiàn)粒體編碼的轉錄本中普遍存在。

原文：N1-methyladenosine methylation in tRNA drives liver tumourigenesis by regulating cholesterol metabolism

期刊：Nature Communications   影響因子：16.6

作者通過(guò)RNA-Seq、m1A-MAP-seq及Ribo-seq等技術(shù)方法發(fā)現在肝細胞癌(HCC)患者腫瘤組織中tRNA的m1A甲基化水平顯著(zhù)升高。TRMT6和TRMT61A形成m1A甲基轉移酶復合物，在晚期HCC腫瘤中高度表達，并與HCC患者的生存率呈負相關(guān)。TRMT6/ TRMT61A介導的m1A甲基化是肝臟腫瘤發(fā)生所必需的。TRMT6/TRMT61A提高tRNA的m1A甲基化水平，從而提高PPARδ翻譯，進(jìn)而引起膽固醇合成，激活Hedgehog信號，最終驅動(dòng)CSCs的自我更新和腫瘤發(fā)生。