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    上海云序生物科技有限公司
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    云序生物

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    market@cloud-seq.com.cn

    上海市松江區莘磚公路518號24號樓4樓

    m1A-MAP mRNA測序

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    m1A RNA甲基化是一類(lèi)新發(fā)現的RNA甲基化,即RNA分子腺嘌呤第1位氮原子上的甲基化修飾(N1-methyladenosine,m1A)。研究表明,m1A是真核生物tRNA和rRNA豐度很高的一種轉錄后修飾,近期研究也表明m1A修飾可調控mRNA翻譯。m1A修飾作為一類(lèi)新型RNA甲基化,其功能和機制都亟待挖掘。
    技術(shù)詳情
    技術(shù)簡(jiǎn)介

    m1A是一類(lèi)新發(fā)現的RNA甲基化修飾,即RNA分子腺嘌呤第1位氮原子上發(fā)生甲基化修飾(N1-methyladenosine,m1A)。m1A已經(jīng)在tRNA、rRNA、mRNA和non-coding RNA上被發(fā)現。研究表明m1A可以調控翻譯和延伸,以及rRNA的穩定性和正確折疊。m1A還廣泛參與腫瘤發(fā)生和多種疾病,但其機制和潛在功能亟待發(fā)掘。

    針對m1A修飾,云序生物采用m1A-MAP-seq(Misincorporation-assisted profiling of m1A)方法。該方法利用m1A修飾在反轉錄時(shí)會(huì )導致錯配這一特性,實(shí)現單堿基分辨m1A修飾位點(diǎn)。該方法的實(shí)驗流程為:將隨機片段化的RNA樣本用m1A特異性抗體進(jìn)行富集,同時(shí)留一部分不做處理,作為對照(input);然后再將富含m1A修飾的RNA片段分為兩部分,一部分用去甲基化酶AlkB處理[demethylase(+)],一部分不處理[demethylase(-)]。最后對獲得的三個(gè)樣本分別進(jìn)行建庫測序。對比去甲基化酶(-)和去甲基化酶(+)的結果,捕捉堿基突變的信號,來(lái)實(shí)現m1A甲基化修飾位點(diǎn)單堿基分辨率的鑒定。對比免疫共沉淀IP樣本和Input樣本中的序列片段,將m1A RNA甲基化修飾位點(diǎn)定位到轉錄組上,并根據RNA-Seq數據,不僅計算出樣本中m1A甲基化程度,同時(shí)還可以找到m1A甲基化修飾的具體位點(diǎn)信息。



    2.png
    云序生物m1A-MAP-seq實(shí)驗流程

    云序生物m1A RNA甲基化測序產(chǎn)品

    同時(shí)檢測m1A甲基化的環(huán)狀RNA,LncRNA和mRNA
    同時(shí)檢測m1A甲基化的LncRNA和mRNA
    檢測m1A甲基化的所有mRNA
    檢測m1A甲基化的所有環(huán)狀RNA
    檢測m1A甲基化的所有pri-miRNA
    檢測m1A甲基化的所有tRNA


    樣本要

    樣品類(lèi)型

    組織、細胞、體液或RNA樣品。其它類(lèi)型樣品請詳詢(xún)。
    樣品量
    細胞: > 2×107
    組織:  100 mg-1 g 
    總RNA:30-300 μg (OD260/280≥1.8;OD260/230≥1.5;無(wú)明顯降解,電泳檢測樣品特征性條帶完整清晰,無(wú)明顯彌散或拖尾 28S:18S≥1.5或者RIN≥7)

    樣品運輸及保存:

    樣品運輸:樣品置于1.5mL離心管中,封口膜封好,干冰運輸。
    樣品保存:細胞樣品或新鮮組織塊(切成5-10 mg的小塊),液氮凍存后,-80℃保存,RNA樣品可溶于乙醇或RNA-free的超純水中,-80℃保存,樣品保存期間避免反復凍融。



    云序優(yōu)勢 

    單堿基分辨
    m1A RNA甲基化單堿基測序方式,可對m1A甲基化修飾進(jìn)行單堿基定位。
    全分子覆蓋
    可全面地對環(huán)狀RNA、mRNA、lncRNA、pri-miRNA和tRNA等多類(lèi)RNA分子的m1A位點(diǎn)進(jìn)行檢測。
    一站式服務(wù)
    客戶(hù)僅需提供組織或細胞,云序生物一站式完成RNA抽提,樣品預處理,建庫,測序,數據分析全套流程。
    專(zhuān)業(yè)的生物信息學(xué)分析
    專(zhuān)業(yè)的生物信息學(xué)團隊,能夠滿(mǎn)足客戶(hù)的各類(lèi)深入數據分析需求



    數據分析(僅供展示,詳見(jiàn)demo報告)

    1.m1A甲基化分布圖※



    image3.png

    2.差異甲基化位點(diǎn)的聚類(lèi)分析


    image4.png

    3.m1A甲基化位點(diǎn)motif分析※


    image5.png

    4.m1A甲基化位點(diǎn)可視圖


    image6.png

    5.差異甲基化區的GO和KEGG信號通路分析


    image7.png

    案例解析:

    1、細胞核和線(xiàn)粒體編碼的轉錄本的m1A甲基化修飾
    原文:Base-Resolution Mapping Reveals Distinct m1A Methylome in Nuclear- and Mitochondrial-Encoded Transcripts
    期刊:Molecular Cell   影響因子:16
    作者利用單堿基分辨率的m1A-MAP-seq方法鑒定了細胞核和線(xiàn)粒體的m1A甲基化位點(diǎn)。發(fā)現位于5’UTR,特別是轉錄本第一和第二位上的m1A,能夠提高翻譯效率,而位于編碼區的m1A 可抑制翻譯。小部分符合“GUUCRA”基序的m1A 位點(diǎn)由一個(gè)已知的甲基化酶復合物TRMT6/61A 修飾。此外,還發(fā)現m1A在線(xiàn)粒體編碼的轉錄本中普遍存在。



    image8.png
    m1A-MAP揭示核編碼和線(xiàn)粒體編碼轉錄本上不同類(lèi)型的m1A甲基化譜

    2、肝細胞癌相關(guān)的m1A修飾介導的分子調控機制

    原文:N1-methyladenosine methylation in tRNA drives liver tumourigenesis by regulating cholesterol metabolism
    期刊:Nature Communications   影響因子:16.6
    作者通過(guò)RNA-Seq、m1A-MAP-seq及Ribo-seq等技術(shù)方法發(fā)現在肝細胞癌(HCC)患者腫瘤組織中tRNA的m1A甲基化水平顯著(zhù)升高。TRMT6和TRMT61A形成m1A甲基轉移酶復合物,在晚期HCC腫瘤中高度表達,并與HCC患者的生存率呈負相關(guān)。TRMT6/ TRMT61A介導的m1A甲基化是肝臟腫瘤發(fā)生所必需的。TRMT6/TRMT61A提高tRNA的m1A甲基化水平,從而提高PPARδ翻譯,進(jìn)而引起膽固醇合成,激活Hedgehog信號,最終驅動(dòng)CSCs的自我更新和腫瘤發(fā)生。



    image9.png
    tRNA m1A 58 甲基化


    m1A-MAP mRNA測序
    m1A-MAP mRNA測序

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    m1A RNA甲基化是一類(lèi)新發(fā)現的RNA甲基化,即RNA分子腺嘌呤第1位氮原子上的甲基化修飾(N1-methyladenosine,m1A)。研究表明,m1A是真核生物tRNA和rRNA豐度很高的一種轉錄后修飾,近期研究也表明m1A修飾可調控mRNA翻譯。m1A修飾作為一類(lèi)新型RNA甲基化,其功能和機制都亟待挖掘。
    021-64878766
    技術(shù)詳情
    技術(shù)簡(jiǎn)介

    m1A是一類(lèi)新發(fā)現的RNA甲基化修飾,即RNA分子腺嘌呤第1位氮原子上發(fā)生甲基化修飾(N1-methyladenosine,m1A)。m1A已經(jīng)在tRNA、rRNA、mRNA和non-coding RNA上被發(fā)現。研究表明m1A可以調控翻譯和延伸,以及rRNA的穩定性和正確折疊。m1A還廣泛參與腫瘤發(fā)生和多種疾病,但其機制和潛在功能亟待發(fā)掘。

    針對m1A修飾,云序生物采用m1A-MAP-seq(Misincorporation-assisted profiling of m1A)方法。該方法利用m1A修飾在反轉錄時(shí)會(huì )導致錯配這一特性,實(shí)現單堿基分辨m1A修飾位點(diǎn)。該方法的實(shí)驗流程為:將隨機片段化的RNA樣本用m1A特異性抗體進(jìn)行富集,同時(shí)留一部分不做處理,作為對照(input);然后再將富含m1A修飾的RNA片段分為兩部分,一部分用去甲基化酶AlkB處理[demethylase(+)],一部分不處理[demethylase(-)]。最后對獲得的三個(gè)樣本分別進(jìn)行建庫測序。對比去甲基化酶(-)和去甲基化酶(+)的結果,捕捉堿基突變的信號,來(lái)實(shí)現m1A甲基化修飾位點(diǎn)單堿基分辨率的鑒定。對比免疫共沉淀IP樣本和Input樣本中的序列片段,將m1A RNA甲基化修飾位點(diǎn)定位到轉錄組上,并根據RNA-Seq數據,不僅計算出樣本中m1A甲基化程度,同時(shí)還可以找到m1A甲基化修飾的具體位點(diǎn)信息。



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    同時(shí)檢測m1A甲基化的環(huán)狀RNA,LncRNA和mRNA
    同時(shí)檢測m1A甲基化的LncRNA和mRNA
    檢測m1A甲基化的所有mRNA
    檢測m1A甲基化的所有環(huán)狀RNA
    檢測m1A甲基化的所有pri-miRNA
    檢測m1A甲基化的所有tRNA


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    樣品類(lèi)型

    組織、細胞、體液或RNA樣品。其它類(lèi)型樣品請詳詢(xún)。
    樣品量
    細胞: > 2×107
    組織:  100 mg-1 g 
    總RNA:30-300 μg (OD260/280≥1.8;OD260/230≥1.5;無(wú)明顯降解,電泳檢測樣品特征性條帶完整清晰,無(wú)明顯彌散或拖尾 28S:18S≥1.5或者RIN≥7)

    樣品運輸及保存:

    樣品運輸:樣品置于1.5mL離心管中,封口膜封好,干冰運輸。
    樣品保存:細胞樣品或新鮮組織塊(切成5-10 mg的小塊),液氮凍存后,-80℃保存,RNA樣品可溶于乙醇或RNA-free的超純水中,-80℃保存,樣品保存期間避免反復凍融。



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    單堿基分辨
    m1A RNA甲基化單堿基測序方式,可對m1A甲基化修飾進(jìn)行單堿基定位。
    全分子覆蓋
    可全面地對環(huán)狀RNA、mRNA、lncRNA、pri-miRNA和tRNA等多類(lèi)RNA分子的m1A位點(diǎn)進(jìn)行檢測。
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    客戶(hù)僅需提供組織或細胞,云序生物一站式完成RNA抽提,樣品預處理,建庫,測序,數據分析全套流程。
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    專(zhuān)業(yè)的生物信息學(xué)團隊,能夠滿(mǎn)足客戶(hù)的各類(lèi)深入數據分析需求



    數據分析(僅供展示,詳見(jiàn)demo報告)

    1.m1A甲基化分布圖※



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    2.差異甲基化位點(diǎn)的聚類(lèi)分析


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    4.m1A甲基化位點(diǎn)可視圖


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    5.差異甲基化區的GO和KEGG信號通路分析


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    1、細胞核和線(xiàn)粒體編碼的轉錄本的m1A甲基化修飾
    原文:Base-Resolution Mapping Reveals Distinct m1A Methylome in Nuclear- and Mitochondrial-Encoded Transcripts
    期刊:Molecular Cell   影響因子:16
    作者利用單堿基分辨率的m1A-MAP-seq方法鑒定了細胞核和線(xiàn)粒體的m1A甲基化位點(diǎn)。發(fā)現位于5’UTR,特別是轉錄本第一和第二位上的m1A,能夠提高翻譯效率,而位于編碼區的m1A 可抑制翻譯。小部分符合“GUUCRA”基序的m1A 位點(diǎn)由一個(gè)已知的甲基化酶復合物TRMT6/61A 修飾。此外,還發(fā)現m1A在線(xiàn)粒體編碼的轉錄本中普遍存在。



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    m1A-MAP揭示核編碼和線(xiàn)粒體編碼轉錄本上不同類(lèi)型的m1A甲基化譜

    2、肝細胞癌相關(guān)的m1A修飾介導的分子調控機制

    原文:N1-methyladenosine methylation in tRNA drives liver tumourigenesis by regulating cholesterol metabolism
    期刊:Nature Communications   影響因子:16.6
    作者通過(guò)RNA-Seq、m1A-MAP-seq及Ribo-seq等技術(shù)方法發(fā)現在肝細胞癌(HCC)患者腫瘤組織中tRNA的m1A甲基化水平顯著(zhù)升高。TRMT6和TRMT61A形成m1A甲基轉移酶復合物,在晚期HCC腫瘤中高度表達,并與HCC患者的生存率呈負相關(guān)。TRMT6/ TRMT61A介導的m1A甲基化是肝臟腫瘤發(fā)生所必需的。TRMT6/TRMT61A提高tRNA的m1A甲基化水平,從而提高PPARδ翻譯,進(jìn)而引起膽固醇合成,激活Hedgehog信號,最終驅動(dòng)CSCs的自我更新和腫瘤發(fā)生。



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    tRNA m1A 58 甲基化


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