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    上海云序生物科技有限公司
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    上海市松江區莘磚公路518號24號樓4樓

    m5C-BS-seq 環(huán)狀RNA測序(Spike-In Plus)

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    m5C RNA是近年來(lái)發(fā)現的一類(lèi)在tRNA及rRNA高豐度存在的甲基化修飾。利用高通量測序手段驗證了非編碼RNA以及部分mRNA中m5C存在,但是在不同物種、不同組織中m5C修飾分布圖譜尚沒(méi)有系統性報道。云序生物率先開(kāi)展m5C RNA甲基化測序服務(wù),采用經(jīng)典重亞硫 酸鹽處理的方式進(jìn)行測序。在全轉錄范圍內及tRNA水平查看基因m5C甲基化修飾水平。
    技術(shù)詳情

    技術(shù)簡(jiǎn)介
    m5C RNA是近年來(lái)發(fā)現的一類(lèi)在tRNA及rRNA高豐度存在的甲基化修飾。利用高通量測序手段驗證了非編碼RNA以及部分mRNA中m5C存在,但是在不同物種、不同組織中m5C修飾分布圖譜尚沒(méi)有系統性報道。云序生物率先開(kāi)展m5C RNA甲基化測序服務(wù),采用經(jīng)典重亞硫酸鹽處理的方式進(jìn)行測序(Bisulfite Sequencing, 簡(jiǎn)稱(chēng) Bis-seq)。在全轉錄范圍內及tRNA水平查看基因m5C甲基化修飾水平。此外,云序生物亦提供 m5C 甲基化免疫沉淀測序(m5C Methylation Immunoprecipitation Sequencing,簡(jiǎn)稱(chēng) m5C MeRIP-seq)服務(wù),助力 m5C 修飾研究。

    (m5C)RNA甲基化測序流程

     云序生物(m5C)RNA甲基化測序流程

    云序生物RNA甲基化測序產(chǎn)品

    云序生物RNA甲基化測序產(chǎn)品

    云序優(yōu)勢

    一站式服務(wù):
    客戶(hù)只需提供組織、細胞、體液樣品或RNA,云序生物為您完成m5C RNA-Seq全套實(shí)驗服務(wù)。
    嚴格的質(zhì)控:
    云序生物對m5C RNA-Seq實(shí)驗每一步驟均設有關(guān)鍵質(zhì)控,保證客戶(hù)得到優(yōu) 質(zhì)數據。
    專(zhuān)業(yè)的生物信息學(xué)分析:
    云序生物擁有專(zhuān)業(yè)的生物信息分析團隊,幫助客戶(hù)進(jìn)行實(shí)驗數據的全 面挖掘。

    樣本要求
    樣品類(lèi)型:
    細胞、新鮮組織或RNA樣品。其它類(lèi)型樣品請詳詢(xún)。
    樣品量:

    a) 細胞:2×107 

    b) 組織:100 mg-1 g

    c) RNA:30-300 μg(OD260/280:1.6-2.3;RNA無(wú)明顯降解28S:18S>1.5或RIN>7)

    樣品運輸與保存
    樣品運輸:樣品置于1.5mL離心管中,封口膜封好,干冰運輸。
    樣品保存:細胞樣品或新鮮組織塊可用TRIZOL或RNA保護劑處理,液氮凍存后-80℃保存;RNA樣品可溶于乙醇或RNA-free的超純水中,-80℃保存,避免反復凍融。


    數據分析(僅供展示,詳見(jiàn)demo報告)
    1、識別RNA甲基化位點(diǎn)
    通過(guò)高通量測序和生物信息分析,識別甲基化富集的基因組區域。


    識別RNA甲基化位點(diǎn)


    2、RNA甲基化位點(diǎn)的注釋
    富集峰識別后,得到的是一堆基因組位置信息,通過(guò)生物信息分析利用鄰近基因對富集峰進(jìn)行注釋?zhuān)⒏鶕逯悬c(diǎn)相對于已知基因的位置,將富集峰為啟動(dòng)子峰、上游峰、內含子峰、外顯子峰、基因間峰。

    RNA甲基化位點(diǎn)的注釋


    3、RNA甲基化位點(diǎn)在基因組中的分布

    根據注釋信息,繪制富集峰在不同基因組特征上的比例圖。

    RNA甲基化位點(diǎn)在基因組中的分布        RNA甲基化位點(diǎn)在基因組中的分布



    4、RNA甲基化位點(diǎn)Motif分析
    RNA上甲基化的位點(diǎn),可能包含某種序列motif。RNA甲基化酶可能正是通過(guò)識別這些 motif 特異性進(jìn)行甲基化修飾,從而完成轉錄后調控功能。我們成功識別了全基因組的RNA上的甲基化位點(diǎn)后,獲取序列就能使用生物信息學(xué)的手段來(lái)搜索這些 motif,從而揭示 RNA甲基化修飾的機制。

    RNA甲基化位點(diǎn)Motif分析


    5、差異RNA甲基化位點(diǎn)的識別與注釋
    云序生物使用meRanCompare軟件識別兩個(gè)/組樣品間的差異甲基化位點(diǎn),以FDR<0.01作為閾值,具體的以測序報告為準。 識別樣本間的差異甲基化區,發(fā)現與特定表型或疾病相關(guān)的甲基化區域。

    差異RNA甲基化位點(diǎn)的識別與注釋


    6、差異RNA甲基化位點(diǎn)的GO與信號通路分析
    對差異甲基化基因進(jìn)行功能分類(lèi),并發(fā)現明顯富集的功能條目。

    差異RNA甲基化位點(diǎn)的GO與信號通路分析差異RNA甲基化位點(diǎn)的GO與信號通路分析


    m5C-BS-seq 環(huán)狀RNA測序(Spike-In Plus)
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    云序生物RNA甲基化測序產(chǎn)品

    云序生物RNA甲基化測序產(chǎn)品

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    客戶(hù)只需提供組織、細胞、體液樣品或RNA,云序生物為您完成m5C RNA-Seq全套實(shí)驗服務(wù)。
    嚴格的質(zhì)控:
    云序生物對m5C RNA-Seq實(shí)驗每一步驟均設有關(guān)鍵質(zhì)控,保證客戶(hù)得到優(yōu) 質(zhì)數據。
    專(zhuān)業(yè)的生物信息學(xué)分析:
    云序生物擁有專(zhuān)業(yè)的生物信息分析團隊,幫助客戶(hù)進(jìn)行實(shí)驗數據的全 面挖掘。

    樣本要求
    樣品類(lèi)型:
    細胞、新鮮組織或RNA樣品。其它類(lèi)型樣品請詳詢(xún)。
    樣品量:

    a) 細胞:2×107 

    b) 組織:100 mg-1 g

    c) RNA:30-300 μg(OD260/280:1.6-2.3;RNA無(wú)明顯降解28S:18S>1.5或RIN>7)

    樣品運輸與保存
    樣品運輸:樣品置于1.5mL離心管中,封口膜封好,干冰運輸。
    樣品保存:細胞樣品或新鮮組織塊可用TRIZOL或RNA保護劑處理,液氮凍存后-80℃保存;RNA樣品可溶于乙醇或RNA-free的超純水中,-80℃保存,避免反復凍融。


    數據分析(僅供展示,詳見(jiàn)demo報告)
    1、識別RNA甲基化位點(diǎn)
    通過(guò)高通量測序和生物信息分析,識別甲基化富集的基因組區域。


    識別RNA甲基化位點(diǎn)


    2、RNA甲基化位點(diǎn)的注釋
    富集峰識別后,得到的是一堆基因組位置信息,通過(guò)生物信息分析利用鄰近基因對富集峰進(jìn)行注釋?zhuān)⒏鶕逯悬c(diǎn)相對于已知基因的位置,將富集峰為啟動(dòng)子峰、上游峰、內含子峰、外顯子峰、基因間峰。

    RNA甲基化位點(diǎn)的注釋


    3、RNA甲基化位點(diǎn)在基因組中的分布

    根據注釋信息,繪制富集峰在不同基因組特征上的比例圖。

    RNA甲基化位點(diǎn)在基因組中的分布        RNA甲基化位點(diǎn)在基因組中的分布



    4、RNA甲基化位點(diǎn)Motif分析
    RNA上甲基化的位點(diǎn),可能包含某種序列motif。RNA甲基化酶可能正是通過(guò)識別這些 motif 特異性進(jìn)行甲基化修飾,從而完成轉錄后調控功能。我們成功識別了全基因組的RNA上的甲基化位點(diǎn)后,獲取序列就能使用生物信息學(xué)的手段來(lái)搜索這些 motif,從而揭示 RNA甲基化修飾的機制。

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    5、差異RNA甲基化位點(diǎn)的識別與注釋
    云序生物使用meRanCompare軟件識別兩個(gè)/組樣品間的差異甲基化位點(diǎn),以FDR<0.01作為閾值,具體的以測序報告為準。 識別樣本間的差異甲基化區,發(fā)現與特定表型或疾病相關(guān)的甲基化區域。

    差異RNA甲基化位點(diǎn)的識別與注釋


    6、差異RNA甲基化位點(diǎn)的GO與信號通路分析
    對差異甲基化基因進(jìn)行功能分類(lèi),并發(fā)現明顯富集的功能條目。

    差異RNA甲基化位點(diǎn)的GO與信號通路分析差異RNA甲基化位點(diǎn)的GO與信號通路分析


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