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GLORI(Glyoxal and nitrite-mediated deamination of unmethylated adenosine)技術(shù)是針對m6A修飾開(kāi)發(fā)的單堿基檢測技術(shù)。實(shí)現了真正意義的高效率、高靈敏度、高特異性、無(wú)偏好單堿基m6A位點(diǎn)檢測,并對m6A位點(diǎn)的修飾水平進(jìn)行絕對定量。
GLORI技術(shù)原理:
乙二醛和亞硝酸鹽介導的非甲基化腺苷(A)脫氨基測序(GLORI-seq),它能夠對單堿基m6A位點(diǎn)進(jìn)行有效和無(wú)偏倚的檢測,并對m6A修飾水平進(jìn)行絕對定量。在亞硫酸鹽的作用下鳥(niǎo)苷(G)和胞苷(C)也容易發(fā)生脫氨基反應,分別導致G轉化為黃嘌呤(X)和C轉化為尿苷(U),并且亞硝酸引起G脫氨基的速度遠快于A(yíng)脫氨基,而乙二醛能夠實(shí)現對可逆的對G結構的保護,使其耐受亞硝酸反應。
首先提取總RNA,進(jìn)行片段化,片段化的產(chǎn)物經(jīng)過(guò)乙二醛和亞硝酸鹽處理,RNA在乙二醛和亞硝酸鹽的催化體系來(lái)有效地將未甲基化的腺苷(Adenosine)脫氨基轉換成形成肌苷(Inosine),肌苷在逆轉錄過(guò)程中與胞苷(Cytidine)配對,在測序過(guò)程中被讀作鳥(niǎo)苷(Guanosine),但m6A保持不變,測序后仍讀為A。因此,GLORI通過(guò)檢測測序序列中A的比例實(shí)現了單堿基分辨。此外,我們在文庫準備過(guò)程中引入了唯一分子識別符(UMI)序列,消除逆轉錄過(guò)程中由擴增效率引起的偏差,實(shí)現m6A的絕對定量。
mA proportion = A/(A+G)
GLORI-seq技術(shù)原理圖
云序技術(shù)優(yōu)勢:
GLORI的技術(shù)核心是不依賴(lài)于抗體,通過(guò)化學(xué)反應組合篩選發(fā)現乙二醛和亞硝酸鹽的催化體系,對未甲基化的腺苷進(jìn)行高效地脫氨從而形成肌苷(A-to-I, > 98%),肌苷在測序過(guò)程中被讀成鳥(niǎo)苷(G),形成A-to-G的轉化;而m6A測序后仍被讀成A,從而實(shí)現對m6A的單堿基識別。GLORI通過(guò)檢測測序的讀段序列中A所占的比例,實(shí)現了對單堿基m6A的檢測。
在文庫準備過(guò)程中引入了唯一分子識別符(UMI)序列,消除逆轉錄過(guò)程中由擴增效率引起的偏差,實(shí)現m6A的絕對定量。
盡管當下已經(jīng)開(kāi)發(fā)了多種m6A檢測和測序方法,但是GLORI的技術(shù)相較于基于m6A抗體的檢測方法,能夠得到單堿基檢測。相較于基于限制性?xún)惹忻傅臋z測技術(shù)(只能檢測含有ACA 基序的m6A)實(shí)現對m6A修飾位點(diǎn)的99.9%的檢測,范圍更廣。
樣本要求:
樣品類(lèi)型:
組織、細胞、體液或RNA樣品。其它類(lèi)型樣品請詳詢(xún)。
樣品量:
細胞:2×107
組織:50mg
體液:全血、血清、血漿2-3ml腦脊液:5ml尿液:50ml
總RNA:50μg(OD260/280≥1.8;OD260/230≥1.5;無(wú)明顯降解,電泳檢測樣品特征性條帶完整清晰,無(wú)明顯彌散或拖尾)
樣品運輸及保存
樣品置于1.5mL管中,封口膜封好,干冰運輸。
細胞樣品或新鮮組織塊可用TRIZOL或RNA保護劑處理,液氮凍存后-80℃保存;血液樣品應使用EDTA抗凝,不可用肝素;RNA樣品可溶于乙醇或RNA-free的超純水中,-80℃保存,避免反復凍融。
GLORI(Glyoxal and nitrite-mediated deamination of unmethylated adenosine)技術(shù)是針對m6A修飾開(kāi)發(fā)的單堿基檢測技術(shù)。實(shí)現了真正意義的高效率、高靈敏度、高特異性、無(wú)偏好單堿基m6A位點(diǎn)檢測,并對m6A位點(diǎn)的修飾水平進(jìn)行絕對定量。
GLORI技術(shù)原理:
乙二醛和亞硝酸鹽介導的非甲基化腺苷(A)脫氨基測序(GLORI-seq),它能夠對單堿基m6A位點(diǎn)進(jìn)行有效和無(wú)偏倚的檢測,并對m6A修飾水平進(jìn)行絕對定量。在亞硫酸鹽的作用下鳥(niǎo)苷(G)和胞苷(C)也容易發(fā)生脫氨基反應,分別導致G轉化為黃嘌呤(X)和C轉化為尿苷(U),并且亞硝酸引起G脫氨基的速度遠快于A(yíng)脫氨基,而乙二醛能夠實(shí)現對可逆的對G結構的保護,使其耐受亞硝酸反應。
首先提取總RNA,進(jìn)行片段化,片段化的產(chǎn)物經(jīng)過(guò)乙二醛和亞硝酸鹽處理,RNA在乙二醛和亞硝酸鹽的催化體系來(lái)有效地將未甲基化的腺苷(Adenosine)脫氨基轉換成形成肌苷(Inosine),肌苷在逆轉錄過(guò)程中與胞苷(Cytidine)配對,在測序過(guò)程中被讀作鳥(niǎo)苷(Guanosine),但m6A保持不變,測序后仍讀為A。因此,GLORI通過(guò)檢測測序序列中A的比例實(shí)現了單堿基分辨。此外,我們在文庫準備過(guò)程中引入了唯一分子識別符(UMI)序列,消除逆轉錄過(guò)程中由擴增效率引起的偏差,實(shí)現m6A的絕對定量。
mA proportion = A/(A+G)
GLORI-seq技術(shù)原理圖
云序技術(shù)優(yōu)勢:
GLORI的技術(shù)核心是不依賴(lài)于抗體,通過(guò)化學(xué)反應組合篩選發(fā)現乙二醛和亞硝酸鹽的催化體系,對未甲基化的腺苷進(jìn)行高效地脫氨從而形成肌苷(A-to-I, > 98%),肌苷在測序過(guò)程中被讀成鳥(niǎo)苷(G),形成A-to-G的轉化;而m6A測序后仍被讀成A,從而實(shí)現對m6A的單堿基識別。GLORI通過(guò)檢測測序的讀段序列中A所占的比例,實(shí)現了對單堿基m6A的檢測。
在文庫準備過(guò)程中引入了唯一分子識別符(UMI)序列,消除逆轉錄過(guò)程中由擴增效率引起的偏差,實(shí)現m6A的絕對定量。
盡管當下已經(jīng)開(kāi)發(fā)了多種m6A檢測和測序方法,但是GLORI的技術(shù)相較于基于m6A抗體的檢測方法,能夠得到單堿基檢測。相較于基于限制性?xún)惹忻傅臋z測技術(shù)(只能檢測含有ACA 基序的m6A)實(shí)現對m6A修飾位點(diǎn)的99.9%的檢測,范圍更廣。
樣本要求:
樣品類(lèi)型:
組織、細胞、體液或RNA樣品。其它類(lèi)型樣品請詳詢(xún)。
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細胞:2×107
組織:50mg
體液:全血、血清、血漿2-3ml腦脊液:5ml尿液:50ml
總RNA:50μg(OD260/280≥1.8;OD260/230≥1.5;無(wú)明顯降解,電泳檢測樣品特征性條帶完整清晰,無(wú)明顯彌散或拖尾)
樣品運輸及保存
樣品置于1.5mL管中,封口膜封好,干冰運輸。
細胞樣品或新鮮組織塊可用TRIZOL或RNA保護劑處理,液氮凍存后-80℃保存;血液樣品應使用EDTA抗凝,不可用肝素;RNA樣品可溶于乙醇或RNA-free的超純水中,-80℃保存,避免反復凍融。
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