技術(shù)簡(jiǎn)介

ac4C RNA乙?；?/span>是在RNA ac4C修飾酶的作用下，使N4位乙酰胞嘧啶發(fā)生乙?；囊环N保守的化學(xué)修飾（N4-acetylcytidine）。早期研究發(fā)現該修飾存在于真核生物中絲氨酸及亮氨酸tRNA和18S rRNA上，導致Watson-Crick堿基配合鳥(niǎo)苷的熱穩定性增加，調控蛋白合成中的編碼準確性；近期研究發(fā)現ac4C廣泛分布在人類(lèi)轉錄組中，大多數位點(diǎn)出現在編碼序列（CDS）內，并且通過(guò)改善的mRNA穩定性和翻譯促進(jìn)靶基因表達。目前，ac4C RNA乙?；揎椬鳛橐活?lèi)新型RNA修飾，是繼m6A修飾之后又一表觀(guān)轉錄組學(xué)熱點(diǎn)和“超級潛力股”！

NAT10是唯一報道的真核生物中催化ac4C產(chǎn)生的酶。NAT10酶與甲基轉移酶作用原理類(lèi)似，需要輔因子提供乙?；援a(chǎn)生ac4C。為了檢測轉錄組中的胞苷乙?；?，云序生物對ac4C RNA乙?；瘷z測手段有兩種：（1）acRIP-Seq技術(shù)；（2）ac4C RedaC:T-seq。其中 RedaC:T-seq可以實(shí)現ac4C RNA乙?；揎椀膯螇A基分辨檢測。技術(shù)原理如下：對樣品中的總RNA進(jìn)行提取，去除核糖體后，一部分用NaBH4處理，將ac4C還原為四氫ac4C，但不影響未發(fā)生修飾的胞苷；剩下一部分不做處理，作為對照組。將處理后/不做處理的RNA進(jìn)行純化后，構建文庫并加接頭，進(jìn)行上機測序。在逆轉錄時(shí)，經(jīng)過(guò)NaBH4處理后形成的四氫ac4C可以與T配對，未發(fā)生修飾的胞苷仍然與G配對，通過(guò)對比兩組樣本的測序結果，可以將RNA乙?；揎椢稽c(diǎn)單堿基定位到轉錄組上，還可根據RNA-seq數據，計算樣本中RNA乙?；潭燃皩NA表達水平的影響。

云序優(yōu)勢
一站式服務(wù)
客戶(hù)只需提供組織、細胞、體液樣品或總RNA，云序生物為您完成從ac4C RNA富集，文庫制備，上機測序到數據分析整套服務(wù)流程。
單堿基分辨
可實(shí)現對ac4C乙?；稽c(diǎn)修飾的單堿基精確定位。

分子全覆蓋

可全面檢測mRNA、circRNA、LncRNA、pri-miRNA等多類(lèi)RNA分子ac4C乙?；稽c(diǎn)。
嚴格的質(zhì)控
云序生物對實(shí)驗每一步驟均設有關(guān)鍵質(zhì)控，全程監控實(shí)驗質(zhì)量，保證客戶(hù)得到優(yōu)質(zhì)數據。
專(zhuān)業(yè)的生物信息學(xué)分析
云序生物擁有專(zhuān)業(yè)的生物信息分析團隊，幫助客戶(hù)進(jìn)行實(shí)驗數據的全面挖掘。
RNA乙?；瘻y序與轉錄組聯(lián)合應用
可整合RNA乙?；瘮祿娃D錄組數據進(jìn)行生物信息學(xué)關(guān)聯(lián)分析，揭示RNA乙?；瘜虮磉_調控的影響，深入挖掘RNA乙?；墓δ?。

樣品要求
樣品類(lèi)型
細胞、組織或RNA，其他樣本類(lèi)型及樣品量請電詢(xún)。
樣品量

a）細胞：≥2×10⁷
b）組織：≥ 200mg
c)  RNA：10μg - 300μg
樣品運輸與保存
樣品運輸：樣品置于1.5mL離心管中，封口膜封好，干冰運輸。
樣品保存：細胞樣品或新鮮組織塊可用TRIZOL或RNA保護劑處理，液氮凍存后-80℃保存；RNA樣品可溶于乙醇或RNA-free的超純水中，-80℃保存，避免反復凍融。

案例解析

原文：Direct epitranscriptomic regulation of mammalian translation initiation through N4-acetylcytidine

期刊：Molecular Cell 

影響因子：16.0

mRNA 修飾會(huì )影響mRNA代謝的各個(gè)方面，包括pre-mRNA剪接、mRNA結構、運輸、穩定性和翻譯。mRNA的功能受到典型核堿基修飾的影響。2022年6月8日，來(lái)自美國國立衛生研究院（NIH）的Shalini Oberdoerffer團隊研究發(fā)現，ac4C以位置依賴(lài)的方式介導對mRNA翻譯的影響。雖然蛋白質(zhì)編碼序列中的胞苷乙?；╝c4C）可以促進(jìn)翻譯延伸，但在5`UTR內的ac4C修飾會(huì )影響蛋白質(zhì)合成。5`UTR內的ac4C修飾通過(guò)增強上游序列的起始（upTIS），同時(shí)抑制aTIS。5’UTR ac4C強烈抑制了體外翻譯，而ac4C對與非結構化5’UTR相關(guān)的翻譯沒(méi)有影響，提示核糖體掃描阻礙是一種潛在的機制，競爭性地限制了對下游最佳aTIS的訪(fǎng)問(wèn)。在Kozak序列中引入ac4C，將強烈抑制翻譯起始。在A(yíng)UG側的Kozak序列中，ac4C將強烈抑制翻譯起始。哺乳動(dòng)物80S起始復合物的Cryo-EM顯示，位于A(yíng)UG起始密碼子附近的ac4C破壞了C與起始tRNA核苷酸37處超修飾t6A之間的相互作用。這些發(fā)現在分子水平上證明了RNA修飾對核堿基功能的影響，并介紹了mRNA乙?；鳛橐环N以位置特異性方式調節翻譯的因子。

HeLa mRNA中ac4C的堿基分辨圖譜