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技術(shù)簡(jiǎn)介
m1A RNA甲基化是一類(lèi)新發(fā)現的RNA甲基化,即RNA分子腺嘌呤第1位氮原子上的甲基化修飾(N1-methyladenosine,m1A)。研究表明,m1A是真核生物tRNA和rRNA豐度很高的一種轉錄后修飾,近期研究也表明m1A修飾可調控mRNA翻譯。m1A修飾作為一類(lèi)新型RNA甲基化,其功能和機制都亟待挖掘。
與m6A RNA檢測方式一致,針對m1A修飾也采用MeRIP-seq技術(shù),抗體富集的技術(shù)原理如下:將m1A RNA甲基化特異性抗體與被隨機打斷的RNA片段進(jìn)行共孵育,抓取有甲基化修飾的片段進(jìn)行測序;同時(shí)需要平行測序一個(gè)對照(Input)樣本,對照樣本為未進(jìn)行IP反應的RAN片段,對照樣本用于消除非特異性抓取甲基化片段的背景。
云序生物m1A RNA-seq實(shí)驗流程
產(chǎn)品列表
云序優(yōu)勢
技術(shù)優(yōu)勢:
可單堿基分辨率檢測m1A甲基化修飾。
特異性高:
m1A RNA-seq采用商業(yè)化m1A抗體,可特異性富集m1A修飾片段。
一站式服務(wù):
客戶(hù)只需提供細胞、組織、體液或總RNA,云序生物為您完成從m1A RNA-seq富集、文庫制備、上機測序到數據分析的整套服務(wù)流程。
專(zhuān)業(yè)的生物信息學(xué)分析:
云序生物具有強大的生物信息學(xué)團隊,能夠滿(mǎn)足客戶(hù)的各類(lèi)深入數據分析要求。
樣本要求
樣品類(lèi)型:
組織、細胞、體液或RNA樣品。其它類(lèi)型樣品請詳詢(xún)。
樣品量:
細胞: > 5×106
組織: > 100m g
總RNA:500ng- 300 μg (OD260/280≥1.8;OD260/230≥1.5;無(wú)明顯降解,電泳檢測樣品特征性條帶完整清晰,無(wú)明顯彌散或拖尾 28S:18S≥1.5或者RIN≥7)
樣品運輸及保存:
樣品運輸:樣品置于1.5mL離心管中,封口膜封好,干冰運輸。
樣品保存:細胞樣品或新鮮組織塊(切成5-10 mg的小塊),可用TRIZOL或RNA保護劑處理,液氮凍存后,-80℃保存,RNA樣品可溶于乙醇或RNA-free的超純水中,-80℃保存,樣品保存期間避免反復凍融。
數據分析(僅供展示,詳見(jiàn)demo報告)
1、RNA甲基化富集峰分布圖※
2、RNA甲基化位點(diǎn)motif分析※
3、RNA甲基化富集峰可視化圖
4、差異甲基化區的GO和KEGG信號通路分析
技術(shù)簡(jiǎn)介
m1A RNA甲基化是一類(lèi)新發(fā)現的RNA甲基化,即RNA分子腺嘌呤第1位氮原子上的甲基化修飾(N1-methyladenosine,m1A)。研究表明,m1A是真核生物tRNA和rRNA豐度很高的一種轉錄后修飾,近期研究也表明m1A修飾可調控mRNA翻譯。m1A修飾作為一類(lèi)新型RNA甲基化,其功能和機制都亟待挖掘。
與m6A RNA檢測方式一致,針對m1A修飾也采用MeRIP-seq技術(shù),抗體富集的技術(shù)原理如下:將m1A RNA甲基化特異性抗體與被隨機打斷的RNA片段進(jìn)行共孵育,抓取有甲基化修飾的片段進(jìn)行測序;同時(shí)需要平行測序一個(gè)對照(Input)樣本,對照樣本為未進(jìn)行IP反應的RAN片段,對照樣本用于消除非特異性抓取甲基化片段的背景。
云序生物m1A RNA-seq實(shí)驗流程
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云序優(yōu)勢
技術(shù)優(yōu)勢:
可單堿基分辨率檢測m1A甲基化修飾。
特異性高:
m1A RNA-seq采用商業(yè)化m1A抗體,可特異性富集m1A修飾片段。
一站式服務(wù):
客戶(hù)只需提供細胞、組織、體液或總RNA,云序生物為您完成從m1A RNA-seq富集、文庫制備、上機測序到數據分析的整套服務(wù)流程。
專(zhuān)業(yè)的生物信息學(xué)分析:
云序生物具有強大的生物信息學(xué)團隊,能夠滿(mǎn)足客戶(hù)的各類(lèi)深入數據分析要求。
樣本要求
樣品類(lèi)型:
組織、細胞、體液或RNA樣品。其它類(lèi)型樣品請詳詢(xún)。
樣品量:
細胞: > 5×106
組織: > 100m g
總RNA:500ng- 300 μg (OD260/280≥1.8;OD260/230≥1.5;無(wú)明顯降解,電泳檢測樣品特征性條帶完整清晰,無(wú)明顯彌散或拖尾 28S:18S≥1.5或者RIN≥7)
樣品運輸及保存:
樣品運輸:樣品置于1.5mL離心管中,封口膜封好,干冰運輸。
樣品保存:細胞樣品或新鮮組織塊(切成5-10 mg的小塊),可用TRIZOL或RNA保護劑處理,液氮凍存后,-80℃保存,RNA樣品可溶于乙醇或RNA-free的超純水中,-80℃保存,樣品保存期間避免反復凍融。
數據分析(僅供展示,詳見(jiàn)demo報告)
1、RNA甲基化富集峰分布圖※
2、RNA甲基化位點(diǎn)motif分析※
3、RNA甲基化富集峰可視化圖
4、差異甲基化區的GO和KEGG信號通路分析
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