取消
清空記錄
歷史記錄
清空記錄
歷史記錄
類(lèi)風(fēng)濕性關(guān)節炎(RA)是一種慢性自身免疫性疾病,其特征是持續性滑膜炎癥以及軟骨和骨骼破壞。近日,云序生物助力中山大學(xué)附屬**醫院許韓師和肖游君團隊通過(guò)acRIP-seq & RNA-seq等多種方法結合成功在BMJ旗下Annals of the Rheumatic Diseases期刊上在線(xiàn)發(fā)表文章《NAT10 promotes synovial aggression by increasing the stability and translation of N4-acetylated PTX3 mRNA in rheumatoid arthritis》,**探究了類(lèi)風(fēng)濕關(guān)節炎(rheumatoid arthritis, RA)成纖維樣滑膜細胞中乙?;D移酶10(NAT10)介導的N4-乙酰胞嘧啶(N4-acetylcytidine, ac4C)修飾作用,共同闡明了NAT10介導的PTX3 mRNA的ac4C修飾是調控滑膜侵襲和炎癥的新機制,同時(shí)也為類(lèi)風(fēng)濕關(guān)節炎**提供了潛在的**靶點(diǎn)。
云序生物有幸為該研究提供了ac4C RNA修飾測序及轉錄組測序及生信分析服務(wù),同時(shí)本研究中涉及的驗證服務(wù)云序生物也都可提供,歡迎老師們線(xiàn)下線(xiàn)上咨詢(xún)?,F在就讓小編為老師們分享下這篇文章的主要內容吧!
標題:NAT10 promotes synovial aggression by increasing the stability and translation of N4-acetylated PTX3 mRNA in rheumatoid arthritis
發(fā)表時(shí)間:2024.5.8
發(fā)表期刊:Annals of the?Rheumatic?Diseases
影響因子:20.3
樣品類(lèi)型:人滑膜細胞(3 vs 3)
研究方法:acRIP-seq &RNA-seq & acRIP-qPCR & RIP-qPCR
研究摘要
近年來(lái)的研究發(fā)現,Nacetyltransferase 10(NAT10)介導的ac4C修飾在炎癥和免疫浸潤中起著(zhù)獨特的作用。本研究作者首先從已確診的RA患者中提取FLSs,驗證NAT10基因及蛋白的表達并檢測整體修飾水平。同時(shí),利用acRIP-seq & RNA-seq聯(lián)合分析鑒定出NAT10的潛在靶點(diǎn),采用RIP-qPCR實(shí)驗驗證NAT10與靶基因mRNA的相互作用。結果發(fā)現RA患者FLSs和滑膜中NAT10和ac4C水平升高,NAT10敲除或特異性抑制劑**可減少RA FLSs的遷移和侵襲,且滑膜內NAT10水平升高與滑膜內多種免疫細胞浸潤呈正相關(guān)。體內抑制NAT10可減輕CIA和DTHA小鼠以及CIA大鼠關(guān)節炎的嚴重程度。機制上,NAT10通過(guò)促進(jìn)乙?;疨TX3 mRNA的穩定性和翻譯效率來(lái)調節RA FLS侵襲和功能。*終揭示NAT10介導的ac4C修飾在促進(jìn)類(lèi)風(fēng)濕滑膜侵襲和炎癥中的重要作用,表明NAT10可能是**RA甚至其他FLSs失調相關(guān)疾病的潛在靶點(diǎn)。
技術(shù)路線(xiàn)
研究結果
1、NAT10介導的ac4C修飾在類(lèi)風(fēng)濕性關(guān)節炎(RA)患者的成纖維細胞樣滑膜細胞(FLS)和滑膜組織中升高
與健康對照組(HC FLS)相比,RA FLS中NAT10的轉錄本水平和蛋白表達水平均升高,LC/MS整體水平檢測發(fā)現ac4C的整體水平升高。NAT10敲低或Remodelin(胞苷乙酰轉移酶蛋白 NAT10 的假定小分子抑制劑)處理也能降低RA FLS中ac4C的整體修飾水平。同時(shí),與HC相比,RA滑膜組織中NAT10的表達增加,且NAT10的表達與RA患者的28個(gè)關(guān)節疾病活動(dòng)評分-紅細胞沉降率 (ESR) 評分之間存在**相關(guān)性。*終結果表明NAT10介導的ac4C可能參與了RA的發(fā)病機制。
2、NAT10調節RA FLS的遷移和侵襲且其在RA FLS中的表達升高與免疫細胞浸潤有關(guān)
通過(guò)構建NAT10敲低及過(guò)表達的細胞系,發(fā)現NAT10敲低降低了RA FLS的遷移和侵襲,過(guò)表達NAT10促進(jìn)了RA FLS的遷移和侵襲。同時(shí),Remodelin處理可抑制NAT10的表達,減少RA FLS的遷移和侵襲和RA FLS 中的板狀偽足形成,但不影響細胞活力和RA FLS的增殖和凋亡。這些結果說(shuō)明NAT10參與調節RA FLS的侵襲性行為,但不參與增殖、凋亡或細胞因子和MMP的表達。同時(shí),與shNAT10 RA FLS組相比,NAT10過(guò)表達的RA FLS中,樹(shù)突狀細胞(DC)、T細胞和B細胞的浸潤**增加。這表明NAT10在RA FLS中的表達與滑膜免疫細胞浸潤有關(guān)。
3、PTX3是RA FLS中NAT10的ac4C修飾靶點(diǎn)
為了研究NAT10調節RA FLS功能的潛在機制,作者對帶有shNAT10和shNC的RA FLS分別進(jìn)行acRIP-seq和RNA-seq結果發(fā)現shNAT10組有565個(gè)低乙?;搴?42個(gè)高乙?;澹▅log2FC|≥1),ac4C修飾峰主要位于mRNA轉錄本的蛋白質(zhì)編碼區(CDS),且在富含C的序列中高度富集。同時(shí),RNA-seq顯示在NAT10敲低后,547個(gè)基因下調,591個(gè)基因上調(|log2FC|≥1)。進(jìn)一步分析發(fā)現,少數差異低乙?;?*富集在細胞骨架組織等通路中,許多表達差異下調基因與趨化性有關(guān)。盡管NAT10對細胞因子IL-1β、IL-6、IL-8、CCL2、MMP1、MMP2、MMP-3和MMP-9的影響很小,但作者推測它可以通過(guò)影響其他趨化因子(如CCR7、CXCR1、CXCL5和CXCL14)增強RA FLS的趨化能力。結果表明,暴露于NAT10可以調節與遷移和侵襲相關(guān)的少數基因,這表明NAT10對于RA FLS和免疫細胞的遷移至關(guān)重要。
為了確定NAT10調控的下游主要靶基因,篩選出NAT10敲低后乙?;揎椊档颓一虮磉_水平降低的基因,并通過(guò)acRIP-qPCR驗證了前5個(gè)基因(IL-26、STC2、PTX3、ALDHIL2 和 SYNE2)。結果發(fā)現敲除NAT10后,5個(gè)基因的修飾均**下調,但在RA FLS中,只有PTX3的表達存在**差異,IL-26、STC2、ALDHIL2和SYNE2的表達則沒(méi)有差異。同時(shí)進(jìn)一步分析發(fā)現,NAT10的敲低導致PTX3的CDS和5'UTR上的乙?;?*降低。先前研究報道,PTX3在血清和滑膜樣本中的水平均升高,且與RA嚴重程度和免疫細胞浸潤呈正相關(guān)。因此,作者推測NAT10通過(guò)乙?;疨TX3 mRNA來(lái)調節RA FLS的侵襲性行為。
除此之外,實(shí)驗還觀(guān)察到NAT10敲除后,PTX3的mRNA和蛋白質(zhì)表達水平持續下降,PTX3的CDS和5'UTR乙?;档?。進(jìn)一步通過(guò)熒光素酶報告基因檢測發(fā)下NAT10抑制**降低了WT PTX3報告基因的熒光素酶活性,但對shNC RA FLS中的Mut1和Mut2報告基因沒(méi)有影響,這表明NAT10依賴(lài)于PTX3 mRNA CDS和5`UTR的ac4C修飾,直接調節PTX3的表達。同時(shí),還發(fā)現PTX3 CDS和5'UTR的ac4C修飾還影響RA FLS中PTX3 mRNA的翻譯效率。對RA FLS的NAT10 RIP-qPCR結果表明,NAT10可以與RA FLS中的PTX3 mRNA結合,NAT10敲除組中NAT10與PTX3 mRNA的結合**降低。因此,研究結果表明NAT10介導的ac4C乙?;揎椡ㄟ^(guò)影響mRNA穩定性和翻譯效率來(lái)調節PTX3表達。
4、PTX3在調節RA FLS遷移和侵襲以及免疫細胞滑膜浸潤中的作用
PTX3基因在RA FLS和HC FLS均表達,但與HC FLS相比,RA FLS中PTX3 mRNA和蛋白質(zhì)的表達增加。與HC受試者相比,RA患者滑膜組織中的PTX3水平也明顯升高。另外,作者還構建了PTX3敲低或過(guò)表達體系來(lái)探究其對RA FLS遷移和侵襲的影響。結果發(fā)現,PTX3敲低抑制了細胞遷移和侵襲,還導致板狀偽足形成受到抑制。PTX3過(guò)表達**逆轉了NAT10敲除對細胞遷移和侵襲的影響,表明PTX3介導NAT10誘導的RA FLS侵襲行為。之前的研究已經(jīng)表明PTX3存在于RA患者的滑液和血清中,因此作者推測NAT10可能控制RA FLS分泌PTX3。NAT10敲低降低了培養的RA FLS中PTX3的表達。進(jìn)一步發(fā)現,用重組人PTX3**可促進(jìn)RA FLS的遷移和侵襲。這些結果表明,NAT10誘導的PTX3分泌以自分泌方式促進(jìn)RA FLS的遷移和侵襲。**,作者估計了PTX3敲除及過(guò)表達RA FLS組之間的免疫細胞比例,發(fā)現在PTX3高表達組中,DCs、T細胞和B細胞的浸潤**增加。在RA患者的滑膜PDPN+FLS中,NAT10水平與PTX3呈正相關(guān)。
5、NAT10抑制可減輕RA模型中的關(guān)節炎的嚴重程度
通過(guò)建立兩種RA動(dòng)物模型,即膠原Ⅱ型誘發(fā)性關(guān)節炎(CIA)大鼠或小鼠和遲發(fā)型超敏性關(guān)節炎(DTHA)小鼠,作者評估了NAT10敲除對關(guān)節炎進(jìn)展的影響。結果發(fā)現,與對照組相比,NAT10的敲除降低關(guān)節炎的評分、后爪體積和踝關(guān)節周長(cháng),骨破壞較少,且骨表面與骨體積(BS/BV)比值較低。NAT10的敲除還減少了關(guān)節內的滑膜增生以及軟骨和骨質(zhì)破壞,在局部關(guān)節內敲低NAT10后,CIA大鼠滑膜組織中NAT10和PTX3的表達降低。同時(shí),口服Remodelin的小鼠的關(guān)節炎評分低于對照組,Remodelin處理還減少了滑膜炎癥、增生、骨質(zhì)侵蝕和軟骨破壞。此外,Remodelin處理組與對照組之間肝臟和腎臟組織均未發(fā)現**的組織病理學(xué)變化,提示Remodelin**的安全性。進(jìn)一步觀(guān)察發(fā)現,Remodelin**組滑膜組織中PTX3的表達低于對照組。**,作者還利用NAT10雜合缺失小鼠(NAT10+/mice)構建了DTHA關(guān)節炎模型。結果發(fā)現,與WT小鼠相比,NAT10+/-小鼠的爪腫脹程度和關(guān)節炎評分降低。與WT小鼠相比,NAT10+/-小鼠的滑膜炎癥、增生、骨侵蝕和軟骨破壞均有**改善。有趣的是,DTHA模型中NAT10+/-小鼠滑膜組織中浸潤的CD3+T細胞、CD19+B細胞和CD11c+DC比WT小鼠少,NAT10+/-小鼠滑膜組織中 PTX3表達低于WT小鼠。
全文小結
NAT10介導的ac4C修飾在類(lèi)風(fēng)濕性關(guān)節炎(RA)患者的成纖維細胞樣滑膜細胞(FLS)和滑膜組織中升高
NAT10調節RA FLS的遷移和侵襲且其在RA FLS中的表達升高與免疫細胞浸潤有關(guān)
PTX3是RA FLS中NAT10的ac4C修飾靶點(diǎn),NAT10介導的ac4C乙?;揎椡ㄟ^(guò)影響mRNA穩定性和翻譯效率來(lái)調節PTX3表達。NAT10通過(guò)乙?;疨TX3 mRNA來(lái)調節RA FLS的侵襲性行為
PTX3在調節RA FLS遷移和侵襲以及免疫細胞滑膜浸潤中的作用
NAT10抑制可減輕RA模型中的關(guān)節炎的嚴重程度
云序生物ac4C修飾研究四大模塊
1、ac4C RNA修飾測序
RedaC:T-seq可以實(shí)現ac4C RNA乙?;揎椀膯螇A基分辨檢測。通過(guò)NaBH4處理,將ac4C還原為四氫ac4C,但不影響未發(fā)生修飾的胞苷,在逆轉錄時(shí),經(jīng)過(guò)NaBH4處理后形成的四氫ac4C可以與T配對,未發(fā)生修飾的胞苷仍然與G配對,通過(guò)對比兩組樣本的測序結果,可以將RNA乙?;揎椢稽c(diǎn)單堿基定位到轉錄組上,還可根據RNA-seq數據,計算樣本中RNA乙?;潭燃皩NA表達水平的影響。
對ac4C RNA乙?;?,目前***的檢測手段為acRIP-seq技術(shù),適用于ac4C RNA乙?;V研究,快速篩選ac4C RNA乙?;谢?。云序可提供mRNA和多種非編碼RNA的修飾測序:
ac4C 全轉錄組測序(涵蓋mRNA,LncRNA,circRNA)
ac4C LncRNA測序(涵蓋LncRNA和mRNA)
ac4C Pri-miRNA測序(涵蓋Pri-miRNA和mRNA)
ac4C mRNA測序
ac4C miRNA測序
2、ac4C RNA修飾上游酶的篩選
尋找上游直接調控ac4C RNA乙?;拿?。
3、ac4C RNA修飾靶基因驗證
云序提供各類(lèi)不同修飾的MeRIP-qPCR服務(wù)以及銷(xiāo)售GenSeq? MeRIP試劑盒,可針對mRNA,lncRNA,環(huán)狀RNA等不同類(lèi)型的RNA分子進(jìn)行檢測,低通量驗證RNA修飾靶基因表達水平。
4、機制互作研究
篩選或驗證RNA修飾直接靶點(diǎn),研究RNA修飾靶基因的調控機制。
篩選或驗證目標RNA互作基因或蛋白,研究相應的分子調控機制。
篩選或驗證目標蛋白與DNA互作,研究相應的分子調控機制。
篩選翻譯水平發(fā)生變化的RNA分子,研究相應的分子調控機制。
篩選穩定性發(fā)生變化的RNA分子,研究相應的分子調控機制。
篩選或驗證目標RNA與DNA互作,研究相應的分子機制。
云序生物服務(wù)優(yōu)勢
優(yōu)勢一:云序累計支持客戶(hù)發(fā)表數百篇SCI論文,合計影響因子3000 +
優(yōu)勢二:累計完成測序樣本數萬(wàn)例,**覆蓋醫口、農口等各類(lèi)樣本
優(yōu)勢三:**檢測mRNA和各類(lèi)非編碼RNA(circRNA,lncRNA,Pri-miRNA等)
優(yōu)勢四:提供RNA修飾一站式服務(wù):整體水平檢測、RNA修飾研究、MeRIP-qPCR驗證、RIP-seq、RNA pull-down、Ribo-seq和SLAM-seq等
優(yōu)勢五:率先研發(fā)超微量MeRIP測序技術(shù),RNA量低至500ng起
優(yōu)勢六:國內較全的RNA修飾測序平臺,提供m6A、m5C、m1A、m7G、m3C、O8G、ac4C乙?;?'-O-甲基化、假尿嘧啶等修飾的測序技術(shù)
云序生物ac4C RNA修飾**IF10+文章列表
RNA修飾多組學(xué)研究相關(guān)產(chǎn)品
RIP測序
往期回顧
Get新熱點(diǎn)! m6A&單細胞強強聯(lián)合,助力文章升級! | m6A&單細胞專(zhuān)題一
用戶(hù)文章IF=12.4| 云序m6A MeRIP-seq助力揭示食管*中甲硫氨酸發(fā)揮促*功能的分子機制
Nature Genetics IF=30.8|非編碼seRNA m6A修飾介導組蛋白修飾和*基因表達
用戶(hù)文章IF=15.1|余健秀團隊再次攜手云序,揭示TBK1介導的AGO2磷酸化促進(jìn)肺*發(fā)生
用戶(hù)文章 IF=19.2|范先群院士團隊利用m1A MeRIP-seq聯(lián)合多組學(xué)測序揭示眼黑色素瘤調控新機制
云序客戶(hù)| m6A MeRIP-seq助力揭示早發(fā)糖尿病表觀(guān)調控新機制
云序客戶(hù)文章IF=10.6—m5C甲基轉移酶NSUN2通過(guò)維持tRNA的穩定性促進(jìn)密碼子依賴(lài)性的致*翻譯影響甲狀腺未分化*的進(jìn)展
云序客戶(hù)| MeRIP-seq+RIP-seq技術(shù)揭示 m6A 甲基化調控BMSCs成骨分化新機制
Nature子刊| 重磅綜述!一文總結「m6A修飾非編碼RNAs」在各類(lèi)**中的調控機制及作用
云序客戶(hù)m6A高分文章|揭示組蛋白乙?;cm6A修飾在眼部黑色素瘤發(fā)生中的共同作用機制
Nat Biotechnol IF=47 | BID-seq:一種基于單堿基分辨率的假尿嘧啶(Ψ)修飾定量測序檢測方法
北大伊成器團隊Nature Reviews重磅發(fā)文:非m6A熱門(mén)修飾調控與功能一文速覽!
用戶(hù)文章m6A專(zhuān)題|IF=9.8|m6A去甲基化酶ALKBH5缺乏會(huì )加重鈷致神經(jīng)退行性損傷
上海云序生物科技有限公司
Shanghai Cloud-seq Biotech Co.,Ltd.
地址:上海市松江區莘磚公路518號24號樓4樓
電話(huà):021-64878766
網(wǎng)址:oneshopo.com
相關(guān)新聞
復制成功
×